1、劑型不同
藿香正氣水是液體劑型，由水煮及酒浸制而成，口感較差，因此使用受到限制。藿香正氣軟膠囊是固體型，內容物為棕褐色的膏狀物，容易服用、口感較好，適合害怕藥味的兒童和吞咽困難者服用。
2、服藥方式不同
藿香正氣水服用比較麻煩，服用時，可先將藥水倒在杯中，再沖入約30毫升左右的熱水趁熱飲服，10分鐘後再飲壹杯熱水，服後要避風，讓身體微微有汗時最佳。服藥時要忌食生冷、葷腥、油膩、酸辣等食物，對酒精過敏或不能飲酒者應慎用或改用其他劑型。藿香正氣軟膠囊服用方法很簡單，直接用水送服即可。
3、藥效不同
藿香正氣水藥效很快，藥力迅猛，但對腸胃有刺激。藿香正氣軟膠囊在制藥過程中有效成分會流失很多，因此藥效比較平和，對腸胃無刺激。
藿香正氣水好還是藿香正氣軟膠囊好
藿香正氣軟膠囊和藿香正氣水的主要成分都是壹樣的，都具有解表化濕，理氣和中的功效，都能治療外感風寒、內傷濕滯或夏傷暑濕所致的感冒，但這兩者的功效差異比較大，至於到底哪個好，沒有絕對的說法，還是要根據消費者的實際需求來判斷。壹般來說，在體質允許的情況下，最好選顏色深，氣味重的藿香正氣水服用，因為中藥的藥效離不開其性味，沒有了藥味，藥效也就相對打了折扣。當然，如果妳腸胃不會，不方便服用藿香正氣水，建議還是選擇藿香正氣軟膠囊。