1、結構區別：膽紅質是血紅蛋白的衍生物，由血紅蛋白的鐵原子和四個卟啉環組成；膽紅素是膽紅質的降解產物，由兩個卟啉環組成。
2、來源區別：膽紅質主要來源於血液中的老化或損傷的紅細胞，由巨噬細胞在脾臟、肝臟或骨髓等地方分解血紅蛋白而生成；膽紅素主要來源於膽紅質，在巨噬細胞中經過還原酶的作用而生成。
3、性質區別：膽紅質是壹種不溶於水的物質，呈深棕色或黑色，有金屬光澤；膽紅素是壹種溶於水和脂肪的物質，呈橙黃色或綠色，無金屬光澤。