惠州東華醫院設置了：內分泌科、外科、小兒科、婦產科、皮膚科、骨傷科、耳鼻喉科、眼科、消化科、肛腸科、男科、醫學影像科、中醫科、中醫腫瘤科、泌尿科、口腔科、麻醉科、急診科、檢驗科、預防保健科、整形科等18個科室。