陰陽五行學說為綱領
陰陽五行學說屬古代哲學範疇，《易傳·系辭上》曰：“壹陰壹陽之謂道”.中醫學將陰陽五行學說應用到醫學領域，廣泛地闡釋人體正常的生理活動、疾病現象，並用以指導診斷和治療。在中醫病因學形成發展過程中也是以陰陽五行學說為指導。
中醫學最早關於病因及分類的解釋即是運用陰陽五行學說。如秦國名醫醫和所提出的“六氣病源”說，謂“六氣，曰陰、陽、風、雨、晦、明也。分為四時，序為五節，過則為災。陰淫寒疾，陽淫熱疾，風淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾”（《左傳·昭公元年》）。天有六氣，淫生六疾，。淫者，過也，即邪氣。六氣以陰陽為綱，淫之六疾統於陰陽。“六氣病源”說被稱為病因理論之創始。《內經》更以陰陽為綱領，對病因進行闡釋和分類。《素問·調經論》說：“夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。其生於陽者，得之風雨寒暑：其生於陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒”。將邪氣分為陰陽兩大類，開後世病因分類之先導，並運用陰陽學說對屬於陰或屬於陽的邪氣作了進壹步深入說明。對生於陰者，《素問·陰陽應象大論》有：“暴怒傷陰，暴喜傷陽”之分；生於陽者，在《靈樞·百病始生》有：“風雨則傷上，清濕則傷下”之別。即天之氣傷於上部肌表屬陽，地之氣襲人下部屬陰。後人在《內經》的基礎上對病因的陰陽分類又作進壹步闡發。如王士雄在論述外感六氣發病時，提出暑統風火均為陽，寒統燥濕均為陰（《溫熱經緯·外感溫熱篇》）；張介賓承《內經》“喜怒不節則傷臟，臟傷則病起於陰”之說，提出：“凡傷臟者，皆病起於陰”，但亦有“傷心者，病在陽”，“傷腎者，病在陰”的不同。可見陰陽學說被用於說明病因的屬性，病因分類的綱領，據此分析各種邪氣所引起的陰陽失調的病理變化。
整體觀念為指導
《內經》在論述人體生命活動規律時強調，人是壹個有機聯系的整體，人體臟腑組織器官在組織結構上不可分割，生理功能上相互協調，病理上相互影響；人生活在自然界，與自然界有著密切的關系。由此形成人體局部與整體統壹，人與自然統壹的天人內外統壹體，並以陰陽五行學說說明人體內外的聯系：人體以五臟為中心，概屬六腑、奇恒之腑及五體、五官、五誌等外應自然界；以四時五行陰陽為中心，概屬五方、五季、五氣、五味等，形成四時五臟相通應的整體聯系法則。這壹觀點反映在病因學方面，是從人與自然統壹關系的破壞、機體本身整體聯系失調兩方面來認識致病因素。因而，在《內經》中，自然界氣候變化，地域方土失宜，情誌失調，飲食勞倦都作為致病因素來研究，並認為致病因素作用於人體所傷五臟及其所屬，臨床證候表現皆是以整體聯系為基礎的。
外邪致病的整體觀。外邪是指自然界氣候變化而生之淫邪。人生活在自然界，自然界的氣候變化是導致疾病的主要外因，疾病的發生無不受自然規律的影響和制約，即《金匱要略》所謂：“夫人稟五常，因風氣而生長，風氣雖能生萬物，亦能害萬物。如水能浮舟，亦能覆舟”。外邪致病的整體觀表現在：
①外邪致病有明顯的季節性。《素問·生氣通天論》有“春傷於風”“夏傷於暑”“秋傷於濕”“冬傷於寒”之說。《素問·金匱真言論》曰：“春善病鼽衄，仲夏善病胸脅，長夏善病洞泄寒中，秋善病風瘧，冬善病痹厥”，都體現了六淫發病的整體觀。
②外邪致病各隨其臟氣所應。外邪發病，內通五臟。《素問·陰陽應象大論》曰：“天之邪氣，感則害人五臟”。吳昆註雲：“風寒暑濕燥熱，不當其位，是天之邪氣也。風氣入肝，寒氣入腎，暑熱之氣入心，濕氣入脾，燥氣入肺，是害人之五臟也”。肝與春季相應，風氣通於肝，風邪傷肝，春多肝病；肝開竅於目，主筋，故其病又多有目、筋的證候表現。故《素問·生氣通天論》說：“風客淫氣，精乃亡，邪傷肝也”，《素問·陰陽應象大論》說：“風傷筋”。
③外邪之生因地而異。地域有高下，氣候有差異，邪因地而異。《素問·異法方宜論》有：東方者“魚鹽之地，海濱傍水，西方者“其民陵居而多風”，北方者“其地高陵居，風寒冰冽”，南方者“陽之所盛處也”，中央者”其地平以濕”。《素問·陰陽應象大論》謂“東方生風”、“南方生熱”、“中央生濕”、“西方生燥”、“北方生寒”，都含有邪氣因地域方位之不同而異的特點，故《內經》在研究外感邪氣致病的規律時，地域方土是不可忽視的因素。
內傷七情與五臟相應的整體觀。情誌與五臟相應，病則首傷五臟。《素問·陰陽應象大論》說：“人有五臟化五氣，以生喜怒悲憂恐”。情誌活動歸屬五臟而稱五誌，臟腑氣血是產生情誌活動的基礎，情誌活動又是臟腑氣血功能活動的壹種表現形式。情誌過用則會傷及五臟，如《靈樞·百病始生》說：“喜怒不節則傷臟”。根據情誌與五臟的相應關系，而有“怒傷肝”、“喜傷心”、“悲傷肺”、“思傷脾”、“恐傷腎”之不同。又因心主神明，為“五臟六腑之大主，精神之所舍”，故情誌所傷，五臟各有所屬，總由於心。此外，《內經》對人的體質狀態、自然界的變化、社會環境等因素在情誌發病過程中的作用亦非常重視，這種將內外環境相結合研究情誌發病的整體觀，對現代生物——心理——社會醫學模式具有啟迪作用。
辨證求因為認識病因的方法
中醫學認識病因，是采用由果析因的認識方法探求引起證候的原因，並由此認識疾病的病理過程，為治療用藥提供依據，即辨證求因。這種認識病因的方法亦源自《內經》。《靈樞·本藏》說：“視其外應，以知其內臟，則知所病矣”。《靈樞·外揣》更明確指出：“內外相襲，若鼓之應桴，響之應聲，影之似形”，辨證求因的機理由是彰之。病因作用於人體，致機體產生病理變化，臨床必出現相應的證候表現，證候表現是果，由機體病變所產生，病因是病機變化之緣由，三者之間有著必然性的聯系。通過分析證候，就可認識和掌握疾病的本質和原因。病因不同，所致疾病的證候表現亦不同，故可根據證候表現推求其因。此外，運用辨證求因還應結合時令氣候、情誌變化和體質因素進行全面分析，有壹些較為復雜的疾病會出現本質與征象不相壹致的表現，此時更應詳細診察辨證，識別虛實真假，才能求得真實的病機和病因所在。