這兩個是同壹個部門，區別如下：國家衛計委全稱是國家衛生和計劃生育委員會，是由原衛生部和原人口和計劃生育委員會合二為壹的部門。
中國實行計劃生育以來，計劃生育事業取得歷史性成就，有效緩解了人口對資源環境的壓力。近年來，醫療衛生事業取得顯著成績。當前，計劃生育工作需要在繼續穩定低生育水平基礎上更加註重提高出生人口素質，醫療衛生服務水平也需要不斷提高。
根據第十二屆全國人民代表大會第壹次會議批準的《國務院機構改革和職能轉變方案》和《國務院關於機構設置的通知》（國發〔2013〕14號），設立國家衛生和計劃生育委員會，為國務院組成部門。
衛生部有關內設機構進行調整，疾病控制司（全國愛國衛生運動委員會辦公室）更名為疾病預防控制局（全國愛國衛生運動委員會辦公室），衛生執法監督司更名為衛生監督局，基層衛生與婦幼保健司更名為婦幼保健與社區衛生司。