三妙丸的功能主治是燥濕清熱，消腫止痛。用於濕熱下註引起的濕熱痹證、濕疹癢痛、腳氣腫痛、濕熱帶下等癥，見有足膝關節紅腫疼痛重著、腰痛、乏力、納呆及帶下色黃、味臭、陰部搔癢、小便短赤等。現代多用於風濕性關節炎、重癥肌無力、下肢進行性肌萎縮、陰囊濕疹、盆腔炎、宮頸炎等有以上表現者。