學科概況 據2015年9月研究中心官網顯示，中心有環境科學、環境工程、生態學、分析化學、有機化學、環境經濟與環境管理專業博士學位點，有環境科學、環境工程、生態學、分析化學、有機化學、環境經濟與環境管理專業碩士學位點，環境工程、生物工程等工程碩士學位點。設有環境科學與工程、生物學、生態學3個博士後流動站，為中國科學院博士生重點培養基地。 學科發展 環境化學研究所成立初期，在國務院環境保護領導小組辦公室的關懷和領導下，邊籌建邊工作。主要科研任務有環境中有機、無機有毒有害化學汙染物的檢測發現、分析檢測儀器的研制、以及汙染物造成的實際危害的研究。1978年全國科學大會後，又逐步開展了大氣汙染化學、水體重金屬及有機汙染化學等方面的研究工作。到1985年，環境化學研究所形成了環境汙染化學、環境汙染防治技術和環境分析化學三大研究方向。
1986年，環境化學研究所和當時正在籌建中的中國科學院生態學研究中心合並，建立了中國第壹個面向重大生態環境問題的環境科學與生態學專業性的研究基地——中國科學院生態環境研究中心。形成了以環境化學、環境工程、系統生態學新的三大學科研究方向，中心的科研方向是解決經濟建設和社會發展中提出的關鍵性生態環境問題。主要學科有：系統生態與生態工程、環境化學、生態化學、汙染控制工藝與工程、環境分析化學、生態環境信息和分析測試技術等。生態環境研究中心的學科發展，經歷了三個階段：
創建發展階段（1975-1986）
創建初期（1975-1978）主要配合國家環保工作的急需，從兄弟單位調入壹批化學和非化學專業科技人員，開展環境分析、環境情報、重要汙染源治理技術等研究工作。主要學科有：環境分析化學、分析監測儀器研制、主要汙染源治理技術、環境情報研究。
1979年到1985年，從單壹的環境分析化學中拓展出環境汙染化學學科，使環境分析化學學科的研究方向更加豐富，包括痕量分析、光譜分析、化學分析、色譜分析、電化學分析，以及統壹分析方法和標準參考物質的研究。
調整提高階段（1986-1998）
1986年中國科學院環境化學研究所與籌建中的中國科學院生態學研究中心合並，組建中國科學院生態環境研究中心。此階段，已形成環境化學、環境工程和系統生態學三大學科領域。主要研究所方向有：環境汙染化學、環境分析化學、環境毒理學、區域環境問題、系統生態與生態工程、宏觀環境政策、國情問題研究、水汙染控制技術、大氣汙染控制技術、膜技術與膜材料、標準分析方法和標準參考物質、分析儀器研制。
1986年成立了以青年科技研究人員為主的中國科學院系統生態開放實驗室，1989年與清華大學等4個單位***同建立環境模擬與汙染控制國家重點聯合實驗室，兩個重點實驗室的建立，為生態環境研究中心的學科結構優化和研究方向調整奠定了基礎。
創新跨越階段（1999年以後）
1999年，生態環境研究中心被中國科學院批準為首批進入知識創新工程試點序列的研究所，總體學科領域框架：優勢學科---環境化學，強化學科---環境工程，交叉學科---系統生態與生態工程，發展了生態毒理、土壤環境等學科。 據2015年9月研究中心官網顯示，中心有在學博士生442人、碩士生262人，在站博士後研究人員148人。
自1978年恢復招收研究生以來，***招收研究生2808名，其中碩士研究生1105名，博士研究生1703名；已授碩士學位640人，授博士學位1168人；在讀博士研究生442名，在讀碩士研究生262名，在站博士後148人。自2004年開始招收留學生，目前有來自美國、尼泊爾等留學生9人，另有外籍進修生和外籍博士後數名。
自1990年以來，4名畢業生榮獲全國“百篇”優秀博士學位論文，6名畢業生獲中科院院長獎學金特別獎，13名畢業生入選中科院優秀博士學位論文，***有282人次獲得中科院院長獎學金和冠名獎等各類獎勵和表彰。