1、植物門不同
中國紅豆杉屬於裸子植物門 ；南方紅豆杉屬於木賊門（有胚植物門） 。
2、分布範圍不同
中國紅豆杉分布於甘肅南部、陜西南部、湖北西部、四川等地。華中區多見於海拔1000m的山地落葉闊葉林中，相對集中分布於橫斷山區和四川盆地周邊山地；在廣西北部、貴州東部、湖南南部也有分布。
南方紅豆杉產於中國長江流域以南，星散分布。貴陽市主要分布在花溪、烏當、開陽、息烽。安徽省主要分布在黃山市歙縣石門鄉及黃山區壹帶。浙江省百山祖國家級保護區內也有廣泛分布，其中慶元百山祖鎮三堆村至景寧英川鎮小溪流域壹帶最多。
3、形態特征不同
中國紅豆杉樹皮灰褐色，裂成條片。大枝開展，1年生枝綠色或淡黃色，秋後變為綠黃色、淡褐色或紅褐色，2-3年生枝黃褐色、淡紅色或紅灰褐色。
小枝互生，葉螺旋狀著生，基部扭曲排列成兩列。葉條形，通常微彎，長1-2.5cm，寬2-2.5mm，邊緣微反曲，先端尖或微急尖，下面沿中脈兩側有兩條寬灰綠色或黃綠色氣孔帶，綠色的邊帶極窄。
南方紅豆杉樹皮灰褐色、紅褐色或暗褐色，裂成條片脫落；大枝開展，壹年生枝綠色或淡黃綠色，秋季變成綠黃色或淡紅褐色，二、三年生枝黃褐色、淡紅褐色或灰褐色；冬芽黃褐色、淡褐色或紅褐色，有光澤，芽鱗三角狀卵形，背部無脊或有縱脊，脫落或少數宿存於小枝的基部。
葉排列成兩列，條形，微彎或較直，長1～3（多為1.5～2.2）厘米，寬2～4（多為3）毫米，上部微漸窄，先端常微急尖，稀急尖或漸尖，上面深綠色，有光澤，下面淡黃綠色。
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