影響胚胎發育、造成唇腭裂畸形的因素，主要包括遺傳因素及環境因素。
遺傳因素
有20%左右的唇腭裂患兒顯示存在遺傳因素，在他們的直系或旁系血親中，有類似的畸形存在，而這種遺傳性，可以因生活條件的改變或新陳代謝的變異而發生變化，不是壹成不變地遺傳給後代。
環境因素
營養不良
在妊娠頭3個月內，孕婦因妊娠反應、厭食、慢性疾病、消化吸收不良等造成營養失調，從而影響胎兒發育。
病毒感染
在妊娠頭3個月內患風疹的孕婦，出生的嬰兒很多患有唇腭裂。除風疹病毒外，孕婦被其他病毒感染也可導致嬰兒先天畸形。
其他
妊娠期間胎兒受到創傷；孕婦在懷孕早期長期缺氧；孕婦服用某些影響代謝的藥物。某些化學物質中毒也可導致胎兒先天畸形。
另外，還有精神因素，尤其是強烈的精神刺激，都可能導致胎兒畸形。
（特別說明：唇腭裂修復手術屬於三級手術範圍，且需要在全麻的狀態下手術，而根據衛生部辦公廳印發《醫療機構手術分級管理辦法（試行）》第十四條有明確規定，擇期手術患者，需要全身麻醉（含基礎麻醉）或者需要輸血時，其手術級別相應提升壹級。麻醉前評估（ASA）Ⅲ級以上，且需要全身麻醉支持時，應當在三級醫院或者經省級衛生行政部門批準準予開展部分四級手術的二級甲等醫院實施手術。）唇腭裂修復手術山東省僅此壹家的三級外科醫院可以進行（濟南韓氏整形外科醫院），更是從醫療設備，醫療環境，手術器材和醫資、護理等各方面都提供了安全的保障。