1 皮膚粘膜過敏反應：皮膚粘膜過敏反應是常見的壹類由雷公藤多甙引起的不良反應，主要表現為皮膚瘙癢、發紅、多型性紅斑藥疹、結節性紅斑、固定性藥疹、口腔粘膜皰疹伴皮疹、色素沈著、脫發等。
2 腎毒性：過量服用雷公藤多甙引起的腎毒性主要表現為急性腎功能衰竭，服藥後可發生少尿、浮腫、血尿、蛋白尿及腰痛等。屍檢時可見腎小球毛細血管叢基底膜不規則增厚、腎小球上皮細胞水樣變性、脂肪變性及壞死，以近曲小管較重，有的並發腎乳頭壞死。
3 生殖系統不良反應：雷公藤多甙對女性生殖系統影響主要表現為引起月經周期紊亂、經期延長、閉經、不孕等。雷公藤多甙對男性生殖系統的影響主要表現為精子數量顯著減少，活動力下降，畸形率增加等。張彬等觀察了灌服雷公藤多甙8w後Wistar雄性大鼠的睪丸、附睪形態及壹氧化氮合成酶活性的變化。結果顯示睪丸內的精子細胞及精子減少、曲細精腔緣出現病理形態的細胞及多核巨細胞；附管內可見精子斷頭及脫落細胞，睪丸間質細胞壹氧化氮合成酶平均密度下降。
4 消化系統毒性：雷公藤多苷片在消化系統的不良反應較為常見, 主要表現為惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、便秘、食欲不振, 少數可致偽膜性腸炎, 嚴重者可致消化道出血。這些反應多系口服雷公藤刺激胃腸黏膜所致。
5 神經系統毒性：雷公藤多苷片經口服吸收後對神經細胞有壹定毒性, 可使神經細胞變性而引起中樞神經系統損傷, 主要表現為頭暈、乏力、失眠、嗜睡、聽力減退、復視, 還可引起周圍神經炎。