上個世紀50年代，西沙群島衛生事業非常落後，只有壹個醫療所給當地村民和路過的漁民提供簡單的治療。當時，海南是廣東的壹個行政區，西沙歸廣東省管轄。1959年3月，海南西南中沙群島工委、西南中沙群島辦事處成立，在西沙群島最大的島永興島建立了西南中沙群島人民醫院，建起壹棟2層200平方米的小樓，達到收容20個病人床位的規模，這是西沙人民醫院的前身。西南中沙群島工委和西南中沙群島辦事處成立之初，曾要求其工作人員在西沙群島上定居，但由於地處偏僻，加上高溫、高濕、高堿的氣候和地理條件，長期在群島的地理環境與生活條件下定居非常困難。從1969年7月開始，經廣東省委、省政府和海南軍區批準，島上工作人員實行輪換制，西沙人民醫院醫務人員也由海南各市縣輪派，每批4～5人，半年壹換。
西沙交通閉塞，每個月僅有壹趟輪船從海南省文昌市往返西沙群島，遇到臺風等惡劣天氣，還要無限期拖延。由於醫療衛生條件落後，碰上復雜和重大疾病，西沙人民醫院基本沒有辦法治療。1998年，西沙人民醫院首次有了固定編制，定編8人，其中固定工作人員4人，另外4名醫務人員（醫生、護士各2名）由海南省衛生廳從各市縣和全省三甲醫院抽調，每半年輪換壹次。
由於特殊的地理位置，西沙人民醫院的醫療條件非常落後。“西沙人民醫院目前嚴格說就是壹個診所，僅有壹臺高壓氧設備、壹臺電圖機、壹臺尿檢測儀和簡易的手術臺，醫院的2層樓還是危樓”。院長胡亞雄介紹，這樣的醫療條件，甚至不如海南壹個衛生院。