1、性質不同：中國醫師協會是全國性、行業性、非營利性群眾團體，中華醫學會是學術性、公益性、非營利性法人社團。
2、組成不同：中國醫師協會是由執業醫師、執業助理醫師及單位會員自願組成的，中華醫學會是由中國醫學科學技術工作者自願組成的。