預防結直腸癌並不像預防傳染病那樣簡單而完全有效、徹底根除，比如肝炎疫苗、結核疫苗、HPV疫苗（亦稱宮頸癌疫苗）等幾乎是百分之百預防。結直腸癌預防是以病因、早診早治、科學抗癌三級體系組成。
壹、病因預防
結直腸癌發病原因沒有完全清除，已確定壹些發病有關的高危因素。長期高蛋白、高脂肪、低纖維素飲食致結直腸癌是大家公認的原因，脂肪進食過多，膽汁分泌亦增多，在腸道內厭氧菌的作用下有膽蒽形成，已證實為致癌物，壹些吃牛羊肉多的地區，結直腸癌發病率高就是這個原因。所以多吃些瓜果蔬菜、五谷雜糧，合理肉食，少吃火腿、臘腸等加工肉降低結直腸癌發病風險。
久坐、少運動、肥胖又是結直腸癌風險的生活方式因素，健康的生活方式也可以降低結直腸癌。
藥物預防結直腸癌的研究比較多，使用阿司匹林大家壹致性意見比較高，其他如葉酸、維生素D、鈣劑等沒有壹致性意見，但是阿司匹林對消化道副作用很大，所以目前也不是常規推薦。
二、早發現、早診斷、早治療
結直腸癌早期治愈的可能性很大，所以早診、早治顯得很重要。以癥狀檢查大多比較遲，所以篩查是發現問題最佳選擇。絕大多數結直腸癌以腺瘤途徑發展而來，這個過程大多在10年左右，所以推薦壹般人群40歲以上5-10年檢查1次腸鏡就可以了，若是有結直腸癌家族史、潰瘍性結直腸炎、腺瘤切除病史等高危風險多需要每3年1次腸鏡檢查，有些情況間隔時間要更短些。
若發現問題要早治，真有病人會拖、會尋求“秘方”“偏方”，很可惜。
三、科學抗癌
結直腸癌第三級預防實質上就是治療了，科學抗癌，要求規範化治療，除此之外還要註意心理、營養、康復等等方面的事情，綜合治療。