1、感染病毒不同：漢坦病毒常以老鼠，鹿為宿主，在接觸帶有病毒的老鼠和鹿之後會導致感染，克裏米亞剛果出血熱是歐、亞、非三大洲都有分布的蜱媒自然疫源性病毒疾病，是蜱蟲叮咬之後引起的感染。
2、病死率不同：漢坦病毒在及時治療之後恢復快，治愈率高，病死率低，病死率在百分之十，克裏米亞剛果出血熱病毒屬於重癥，發病之後治愈幾率低，病死率達到百分之五十。