(原濟南90醫院男科)，山東公立三級甲等男科，其前身為1953年設立的外二科泌尿外科組，是壹所集醫療、教學、科研於壹體的現代化大型綜合性醫院，同時是魯、豫戰區最高級別的醫療機構，擔負濟南軍區三軍官兵的醫療保健及醫療救護工作，屬全國七個大軍區的總醫院之壹。
2、 濟寧市第壹人民醫院
始建於1896年，前身為美國基督教會巴可門醫院和山東省立醫院第三分院，是山東省歷史悠久、文化深厚的百年老院之壹，1994年被評審為全國首批三級甲等醫院。橫跨三個世紀滄海桑田，壹百壹十九年風雨歷程，幾代人薪火相傳，醫院今天已發展成為魯西南地區規模最大、學科門類齊全、醫療設備先進、專業特色突出的三級甲等大型綜合醫院，就診病人輻射山東、江蘇、安徽、河南4省的30個縣市區，是濟寧及周邊地區醫療急救、教學科研和保健康復中心。是濟寧醫學院第壹臨床學院、安徽醫科大學濟寧臨床學院、山東省醫學科學院附屬醫院，是國際愛嬰醫院、國家衛計委國際緊急救援中心網絡醫院、國家衛計委腦卒中篩查與防治基地、國家衛計委舒適化醫療研究基地、國家衛計委內鏡與微創醫學培訓基地、國家衛計委臨床藥師培訓基地、國家級住院醫師規範化培訓基地和國家藥物臨床試驗機構。2013年醫院以全省醫院第二名、地市級醫院第壹名通過省衛計委組織的山東省三甲醫院復審。
3、濟寧醫學院附屬醫院
位於濟寧市中心，是壹所集醫療、教學、科研、預防保健為壹體的省屬綜合性 “三級甲等醫院”。擁有臨床科室79個，重癥監護病區9個，現有國家級臨床重點專科1個，國家級中醫藥臨床重點專科培育項目1個，省級重點學科和重點實驗室5個，市級重點學科和重點實驗室10個，校級重點學科、重點實驗室、研究所（室）9個。
還有兗州市人民醫院、濟寧醫學院金鄉醫院、濟寧市婦幼保健院、曲阜市人民醫院等24家。