六部是吏、戶、禮、兵、刑、工各部的總稱。
1、工部
工部為管理全國工程事務的機關。職掌土木興建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寢供億之典。凡全國之土木、水利工程，機器制造工程（包括軍器、軍火、軍用器物等），礦冶、紡織等官辦工業無不綜理，並主管壹部分金融貨幣和統壹度量衡。
2、刑部
刑部為主管全國刑罰政令及審核刑名的機構，與督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最後審理和復核，***為“三法司制”。
刑部的具體職掌是：審定各種法律，復核各地送部的刑名案件，會同九卿審理“監候”的死刑、案件以及直接審理京畿地區的待罪以上案件。刑部的內部組織機構的設置是按省設司，明為十三司，名稱與戶部諸司同。
3、戶部
戶部掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及壹切財政事宜。其內部辦理政務按地區分工而設司，明十三司﹕河南、山東、山西、陜西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建、雲南、貴州。清增江南司，為十四司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其它衙門的部分庶務，職責多有交叉。
4、吏部
吏部為管理文職官員的機關，掌品秩銓選之制，考課黜陟之方，封授策賞之典，定籍終制之法。吏部下設四司：明清為文選清吏司、驗封司、稽勛司和考功司。文選清吏司掌考文職之品級及開列、考授、揀選、升調、辦理月選。驗封司掌封爵、世職、恩蔭、難蔭、請封、捐封等事務。
5、禮部
禮部掌典禮事務與學校、科舉之事。考吉、嘉、軍、賓、兇五禮之用；管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。
禮部下設四司，明清皆為：儀制清吏司，掌嘉禮、軍禮及管理學務、科舉考試事；祠祭清吏司，掌吉禮、兇禮事務；主客清吏司，掌賓禮及接待外賓事務；精膳清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務。
6、兵部
明職掌全國軍衛、武官選授、簡練之政令。清職掌全國綠營兵籍及武職官員的機構。職掌內外武職官員的除授、封蔭之典，乘載、郵傳之制，甄核、簡練之方，士籍、軍實之數。兵部下設四司﹕武選清吏司，考核武職官員的品級與選補、升調、承襲、封贈諸事，並管理土司。
車駕清吏司，掌全國馬政及驛傳等事；職方清吏司，掌武職官員的敘功、核過、撫恤、軍旅之簡閱、考察、巡防等事，並管理關禁與海禁；武庫清吏司，掌全國之兵籍、軍器並武科考試之事。
三省六部制的特點
1、分工明確，效率高：三省分工明確，中書省負責草擬吧頒布皇帝的詔書；門下省負責審核政令；尚書省負責執行國家的政令。三省職責明確，提高了辦事效率。
2、相互監督，相互牽制：中書省頒布的皇帝的詔令和政令，如果門下省發現不符合皇帝的意思或是不可行應駁回。尚書省只負責執行政令，無其他權利。這樣嚴密的中央機構的設置使他們有監督和牽制。
3、分散相權，集中皇權：三省將原來丞相的權利壹分為三，分散了丞相的權利，加強了皇權。