方瓜和南瓜在植物分類學上屬於不同的物種。方瓜屬於葫蘆科（Cucurbitaceae），而南瓜屬於葫蘆科，但屬於南瓜屬（Cucurbita）。在形態上有壹些明顯的區別，如形狀和大小。方瓜的果實呈長而扁的形狀，被稱為葫蘆瓜。可以在成熟後變得堅硬，可以用來制作容器、樂器等。方瓜主要用於食用，在壹些地區也被用作飼料。