部分信徒發展到上層社會，參與統治階級內部的政治活動，從維護封建統治的立場出發，對早期民間道教進行改造。東晉葛洪系統總結了戰國以來的神仙方術理論，在《抱樸子》中為道教構建了各種修仙方法，建立了壹套神仙理論體系，豐富了道教的思想內容，對後來道教的發展產生了重大影響。同時，他提出了養生為內，儒為外的思想，將道家的神仙之術與儒家的經典和教義結合起來，宣揚道教徒要以儒家的忠孝仁恕信和為基礎，否則即使勤於修煉也不能成仙。這為儒家官道奠定了理論基礎。此外，參與道教的高級士紳日益增多，出現了許多石天道教家族。這些世家大族加入道教後，必然會把自己的思想帶到道教中來。體現這壹思想的尚青、靈寶等流派相繼出現，並迅速發展。
與此同時，隨著道教的逐步升級，民間仍然傳播道教的流行形式，不斷發動反抗封建統治的起義。東晉末年，孫思、魯迅利用杜子恭的道教發動起義，提出了殺異己的口號，並殺害了服務於張五鬥米道的士紳道士弟子，說明此時道教內部也存在著激烈的改革與反改革的鬥爭。
原始道教的成功轉型是在南北朝時期。北魏太平真君年間(440-450)，山中道士寇在信奉道教的魏帝和宰相兼儒生的支持下，奉太上老君之命，主張整肅道教，革除、張衡、張祿三部假法，並在運動中制定了以禮為首、飲食修行相結合的新誦誡法。南朝劉宋時期，有廬山道士陸三傳，二葛(葛玄、葛洪)集經，集上清、靈寶、諸經，故歸納三窟，歸壹等；根據封建宗法思想和制度，吸收佛教修行儀式，廣行齋戒禮儀，以改革五鬥米道，意在尊王，稱南天師道。經過寇和陸對《道經儀》的修訂，逐漸定型。在此基礎上，陶弘景繼續吸收儒釋道思想，豐富了道教內容，構建了道教神仙譜系，記述了道教教史，主張三教合流，對以後道教的發展產生了重大影響。
魏晉南北朝時期，經過儒家對原始道教的不斷改造，道教在形式和內容上逐漸完善和豐富，成為維護封建統治的皇家工具，並壹直受到封建統治的崇拜和支持。封建統治者也從儒道合流走向儒道並重。