他總結了唐以前的臨床經驗和醫學理論，編著了《千金方耀》和《千金方毅》兩部具有代表性的醫學名著，對後世醫學尤其是方劑學的發展產生了深遠的影響。
孫思邈擅長道教和佛教經典。曾在太白山潛心修道，是氣功養生的踐行者。
他認為:“保健要培養性，這是好的，內外皆病不生。”也就是說，人要想健康長壽，必須修身養性，心地善良；心臟不好，就算吃了靈丹妙藥，也活不長。
他本身就是壹個品德高尚的人。待人接物，無論貧富，都要像親人壹樣對待；病人求醫，無論寒暑日夜，都要親自去看醫生。
孫思邈曾闡述過養生有五難:名利難避；情緒和憤怒不是壹分為二的困難；不去聲，是三難；四難滋味無窮；走神是五難。
他說:“這五者不在胸中，是福而不求善，是自延而不求壽。這就是養生的偉大目的。”
這種以性養生的方法，把修身養性放在了祛病養生之前。人若在世間求名利，因內心的感受而煩躁，沈迷於聲味的好滋味，沈迷於口腹之欲，就無法保持內心的清凈，自然難以維持身體的健康；如果人能看不起這個名、利、情、色、欲，心情能淡泊純粹，這就是大自由。
孫思邈壹生淡泊名利。隋文帝聞知其名，召其為官，被其婉拒。
孫思邈後來告訴壹個朋友:“再過五十年，還會有聖人，我要幫助他們幫助人民。”
唐太宗登基後，被招至京師。唐太宗看到他年輕的面孔，非常驚訝，說:“聽說有辦法的人是值得尊敬的。原來修道之說是真的。”
孫思邈的“十二年”養生術
“十二不”:孫思邈認為養生必須摒棄日常生活中的不健康行為。
他提出了“十二不”:“修其性者，不吐遠，不走快，不聽硬，不瞪眼，不坐近，不立累，不臥，先冷，先穿衣服，先熱。不想在極度饑餓的時候吃東西，但是吃不飽；極度口渴的時候不想喝太多。”當是“飲食有節，起居有度，不勞而獲。”
“十二少”:孫思邈總結的養生“十二少”。他說:“養學生的人，往往想的少，想的少，欲的少，說的少，笑的少，愁的少，樂的少，喜的少，怒的少，善的少，惡的少。”認為“這樣做不到12次的人，也是修煉的資本。”
“十二加”:孫思邈在提倡“十二加”的同時，也提出了反對。
他說:“想多了，就會失去理智；想要的太多，就會失去理智；擔心太多，會筋疲力盡；笑多了會受傷；擔心過度，就會驚恐萬狀；開心了，就忘了自己的錯誤，迷茫了；生氣了，就會迷茫；妳好，妳就無所謂；惡則憔悴，惡則不樂。”在此基礎上，希望人們“不要著急，不要生氣，不要難過，不要害怕，不要跳，不要說話，不要笑。”
《十二傷》:孫思邈告誡人們:“深憂為重憂，愁為憔悴而痛苦，盛怒也痛苦，哀樂也痛苦，久談談笑也痛苦，睡眠休息也痛苦，鞠躬強弩也痛苦，醉酒嘔吐也痛苦，飽食也痛苦，跳躍喘息也痛苦，陰陽不痛。”
養生重要的是避免壹切可能對人的身心健康造成傷害的不利因素。如果“累積的傷害耗盡了，就會早死。”