東漢末年，著名醫學家張仲景(公元145 ~ 219)繼承和發展了前人的理論，撰寫了《傷寒論》和《金匱要略》，首次提出了“辨證論治”的治療原則。華佗(公元141 ~ 208)，當代名醫，精通內科、外科、婦科、兒科、針灸。他用麻風散，麻醉後做了手術。據記載有三種:①剖腹擴大傷口，②刮治毒物，③腦外科手術。晉代名醫王叔和(公元210 ~ 285)著有《脈學》十卷，使脈學的方法和理論更加系統化。公元610年，隋代醫學家晁主持編纂了50卷《病源論》，對疾病的成因進行了深入的探討。其中討論了絳蟲病，認為是吃了不成熟的肉引起的；患感染與人體的反應體質有關；患傳染病是外界有害物質“乘虛而入”所致；麻風病分為早、中、晚期三個階段，反映了醫學臨床實踐和理論的發展和完善。唐代醫學家孫思邈(公元581 ~ 682年)著有《千金方耀》三十卷，內容包括臨床科室、診斷、治療、針灸、食療、預防、衛生等方面。例如，處方中經常使用雄黃來避免瘟疫；朱砂用作消毒劑；白頭翁、苦參、黃連等。用於治療痢疾；長期生活在山區後因水源引起甲狀腺腫大；夜盲癥患者可以用動物肝臟治療。首次列出了三卷《婦人方》和兩卷《小兒方》。詳細論述了婦科和兒科疾病的特殊性，使婦科和兒科從內科中分離出來，成為壹門獨立的學科。《千金方毅》對本草、傷寒、中風、雜病、疼痛的論述更為突出。記載藥物800余種，並對藥物的采集、加工進行了描述，補充了治療方法。它還記錄了從印度傳播的醫學知識，顯示了吸收和利用世界文化知識的敏銳和勇氣。
金元時期，中醫百家爭鳴，後人稱之為“金元四大家”。代表人物和論述如下:劉(1110-1200)的“降火利水”的“寒派”，代表作《素補原病型》；張(1156-1228)的“邪歸正”和“攻下派”理論，是《儒林外史》的作者。詹姆斯(1180-1251年)是“胃氣本論”的“健脾派”，著有《脾胃論》；朱丹溪(1281-1358)寫了“陽常盈，陰常不足”的“養陰派”，他寫了“發力局”。明代醫學家李時珍(1518-1593)花了27年時間撰寫了25卷《本草綱目》，收錄了1892種藥物，11096個方劑，可謂中國藥典。由於清代瘟疫的流行，醫學家將瘟疫理論發展到了壹個新的高度，包括區分瘟疫、區分溫煦溫煦、溫經治溫，對瘟疫的病因、病理和辨證論治作出了新的系統闡述，彌補了不足。
1408-1643年期間，據史料記載，發生過39次大規模的瘟疫流行，是中國歷史上有記載的瘟疫最嚴重的時期。大規模流行性疾病的爆發，給醫學界提出了亟待解決的嚴重問題，也提供了機遇和條件。明末清初名醫吳有科(1592-1672)，在臨床上仔細觀察個體癥狀，研究病變規律，深入分析鼠疫流行特點，進而探討疾病發生或流行規律，提出鼠疫病因新觀點，撰寫傳染病專著。吳燦還精辟地論述:“丈夫的瘟疫是壹種疾病，它不是風、冷或暖，而是天地之間的壹種不同的感覺”，“傷寒和中暑感受天地的正常氣氛；感染者感天地癤”，“然而此氣無形，情無聲無臭。”在那個既沒有顯微鏡也沒有微生物學的時代，精辟地指出“敵意”存在於自然界但人們看不見、聞不到、聞不到。吳燦還觀察和描述了許多類型的“敵意”，並認識到不同的“敵意”會導致不同類型的瘟疫:“牛生病了但羊沒有生病，雞生病了但鴨沒有生病，人生病了但動物沒有生病”。吳燦還總結出鼠疫流行的兩個特點:流行性和散發性。在治療上，主張急攻，重在祛邪；重視攻、補、降；他還設想，如果有治療“狂怒”的特效藥，就不需要準備藥方了。他系統論述了鼠疫的病因、癥狀、傳播過程、流行、暴發、少數病例特點、治療原則和用藥，發展了中醫學對流行性傳染病的認識。根據鼠疫的特點，與傷寒、鼠疫完全分開。
中醫對醫學的另壹大貢獻是疫苗接種。據記載，早在16世紀，中醫就開始使用人痘接種法預防天花，包括痘塗法、痘漿法、幹菌法、水苗法。17世紀已擴展到中國各地。1688年，俄羅斯醫生學會了這種疫苗接種方法，隨後通過俄羅斯傳到了土耳其，1717年，英國醫生在土耳其學會了疫苗接種。這種方法在英國已經應用了八十年。1796年，英國醫生詹納將其發展成為壹種更安全的疫苗接種方法。現代中醫有新的發展和進步，對針刺麻醉有進壹步的研究；靛玉紅的分離純化對慢性粒細胞白血病的治療具有重要作用。青蒿素的分離純化和鑒定表明，治療間日瘧或惡性瘧的特效藥治愈率達到98%，中醫藥為人類健康做出了新的貢獻。
中醫有兩個基本特點:壹是整體觀念，二是辨證論治。人體是壹個有機整體，與自然具有統壹性，可謂“天人合壹”。中醫不斷進步和發展，從直觀的觀察和詢問，定性和半定量的方法，從“手抓處方”到“稱藥”，從幾百種藥材到上千種藥材資源，“辨證論治”，深化和準確認識疾病，在有效和毒副作用之間進行選擇，發展和運用各種醫療技術治療疾病，發展和創造各種醫療器械和理論。從外敷內服藥物、刮痧、針灸、按摩，到削癰消腫、接骨夾板、麻醉、刮骨排毒祛病。中醫的發展要繼續開拓思路，勇於推陳出新；從基礎理論上深化，在技術和實踐上發展、提高和實現中醫藥現代化。為患者和人類健康提供高水平、高質量的服務。醫學的根本目的應該是確保人類的持續健康，健康的概念應該是“身體、精神和社會的完整狀態”。也就是說，中醫要自信、深入地應用生物學、生物化學、分子生物學的基礎理論；應用抗生素，使用核磁共振，實施器官移植手術，也就是應用壹切現代先進的理論和科學技術來迎接和探索隨之而來的新問題和新挑戰。