道教和道家學者都喜歡講“神仙”。理學受道家思想影響很深，但可以批判地看待。壹般來說，新儒家不相信有神仙可以隨意變化，但相信有壹個保形、煉氣、延壽的道理。程、朱等科學家也相信視聽超常，在感應之前就知道，甚至離開靈魂的外殼。下面分別討論。
理學家張載對道家的神仙說不屑壹顧，認為是“謬誤”，但他並不確定什麽。他說:“不可知者謂之神，荒謬者謂之神與人。”(《正夢神化》)
程否定道家的長生不老、白日飛升說，肯定道家的保形煉氣、延年益壽說。“問:‘什麽是童話？’“我不知道怎麽會這樣。如果妳說妳在白天飆，那也沒什麽。如果妳住在山裏，保持體形，煉氣延壽，是有的。”(《遺書》卷十八)從現代科學的角度來看，住在山裏，空氣清新，負氧離子，可以增強人體細胞的活力。以及遠離世俗，無憂無慮的事情，再加上體育鍛煉，呼吸，保持人與自然的原始平衡等。，這些都符合健康之路，有利於延長人的壽命。
程頤也認為，打坐煉氣，功夫深了之後，就可以知前了。“問:‘中國以外的人來看他。“什麽是先知，”說:‘是的。我倒想看看宋山東吳京這樣做。“問:‘我怎麽能？說‘冷靜就好，然後就可以拍照了。”(《遺書》卷九月十八)
程子所謂的煉氣，就是今天所謂的氣功，但在古代它被稱為引導，實際上是壹種隨著身體運動的腹式呼吸，這種方法有著古老的傳統。《莊子·刻意》說:“呼吸，吐故納新，熊伸通鳥為壽。此導者，養身之人，亦彭祖壽之寵也。”《抱樸子雜英篇》也講了壹些引導動作，如“龍引虎，熊過龜喉，燕彎蛇，鳥伸”。很可能，古代人崇拜動物的特性，如敏捷、冬眠和長壽。經過長期觀察他們的生命心智，編出各種仿生動作，通過內力的修煉和控制，達到養生的目的。理學對道家的修靜煉氣功夫有相當的理解。朱還對道教經典《周易參同契》進行了評論。
道家關於內丹(氣功)的理論書籍可以說是鋪天蓋地。然而卻被視為千百年都不會流傳的秘密。修行人有“半張紙是真，五本書是假”的說法。其實氣功的本質就是精神和氣的和諧。《老子》裏的那句“持營精神而抱壹，能無之而生”就足夠概括了。所謂營，就是魂，靈，靈，擁抱壹個就是合壹。修行時，心(神)專註於氣在腹部的運動，即達到“煉氣”的目的。所以朱向指出:
“養生人說千言萬語，說龍說虎，說鉛說汞，說坎說離，如此而已。老話說‘妳能扛得住妳的靈魂嗎？‘妳生氣的時候能像嬰兒壹樣柔軟嗎？’今天的道教，只是持之於外，懂得所謂‘屏氣凝神，不可離去’！”(《齋藤優子語文課》卷八七)
可見朱對道家內丹術有著深刻的理解。
朱以氣神論為基礎，認為養生家能煉盛強之氣，故身死，氣不散，徘徊於天地之間，有時出現於天。這就是所謂的成仙，但會持續很久，其氣也會消散。朱對說:
“時間長了，精神就會分散。人說神仙不死，輩說壹句。漢朝說了壹些關於安其生的話，唐朝以後就沒人說了。他還說是漢族和人，但現在他已經消失了。可見他只是多了壹次生命考驗，但最後也散了。”(《齋藤優子流派》，第三卷)
很多道教文獻都講到壹種靈魂出竅現象，道教稱之為陽神(元神)。陽神本質上是壹種氣，即陽，真氣和元氣。道教認為，氣功修煉到高級階段，會像嬰兒壹樣誕生，美麗可愛，從天門(頭頂百會穴)出來。剛開始會被觀念控制，暫時應該不會很久，也應該不會很遠。漸漸的，可以自由閉合了，也就悠遠了，四處遊蕩，自得其樂。朱也信奉道教的陽神顯靈說。他說:“蒲城山有壹個人，經常在山上燒丹。後來因為日出，我祝他雲:‘七日不歸，可焚我。’不到七天，那人就把它燒了。之後道士回來，又喊又罵，還能在墻間寫字，但墨跡較輕，很快就沒了。”(同上)朱是理學家，受道家影響最大，這在他的鬼神觀中表現得最為明顯。因此，清初潘所說的“朱子道，陸子禪”並非沒有根據。
學過神仙家技藝的王陽明，對神仙家並不陌生。但他認為不能輕易討論。曾經有人問他神仙的事，書上沒有回答。後來那人派他哥哥去問，陽明答書，承認自己從小練過法術，但沒用。他認為古人有可能活到1500歲，比如廣程子，但也不完全是因為功夫的修煉，也有先天之氣，非人力所能逼。他還指出，所謂神仙的拔屋拔屋，拔屋拔屋，都是騙人的把戲，都是假象。不可不信:“若說神仙們的拔屋拔屋，拔屋拔屋，拔屋拔屋，拔屋拔仙，尹文子的所謂魔，石的所謂外人。如果妳說是，妳也有欺騙妳兒子的嫌疑。”(同上)
楊明還指出，神仙的藝術不好說，真的要自己去體會。“隱居深山三十年，耳目壹新，壹心壹意，胸中不掛壹塵，然後能說此話”(同上)。在陽明看來，所謂神仙，不僅僅是神仙的問題，更是人品境界的問題。無論是成仙還是成佛，也需要壹種奉獻精神，摒棄庸俗和疲憊的思想，潛心數十年於道。只有這樣妳才能說有沒有神仙。從這個角度來看，人生似乎是壹場大“賭”。人真的值得“賭”自己是壹個壹無所知，壹無所有，只有壹條命的神仙嗎？這是另壹個需要首先解決的重要價值問題。
儒家壹貫的觀點是神仙無所不知，無所不知。但如果人真的懂了處世之道，知道了處世之道，就不壹定要成仙了。所以孔子的“未知人，如何治鬼”和“未知生，如何知死”的話，具有永恒的魅力，意味深長，耐人尋味。