學校占地560畝，總建築面積23.2萬平方米，教學儀器設備總值2600多萬元，紙質圖書藏書24萬冊，校內有70多個實驗實訓基地，其中省級實驗實訓中心4個。
學校目前設有普通高等專科學校、函授本科、成人高等專科學校、五年制專科學校和三年制中專學校三個層次。
亳州職業技術學院是以藥學為龍頭，以護理、電氣信息、工商管理、土木工程為支撐的綜合性職業學院。學院秉承“本土、技能、開放、專業”的辦學理念，立足皖北，輻射安徽，面向全國，堅持以市場需求為導向，堅持校企合作、工學結合的人才培養模式，以內涵建設為主線，以人才培養、教學科研、社會服務、文化傳承為己任，努力為區域經濟社會發展培養德才兼備的高技能應用型人才，努力把學院建設成為安徽。
學校設有藥學院、管理系、電子電氣工程系、信息工程系、建築工程系等5個二級系40個專業。專業建設緊密服務地方現代中醫藥、商貿流通等產業發展，初步形成了以“中醫藥”為主的縱橫專業建設產業鏈，專業建設特色鮮明。其中，“中藥、中藥制藥技術、藥學、連鎖經營與管理、醫用電子儀器與維修”等5個專業為省級專業，“中藥、連鎖經營與管理”項目建設由中央財政支持。護理、藥品管理、藥品質量檢測技術、物流管理、計算機應用技術、機電壹體化技術、建築工程技術等專業緊密貼合市場需求，辦學以來受到廣大學生的青睞。
學校現有學生6316人，其中專科生5968人，歷屆畢業生就業率均達到96%以上。現有專任教師313人，其中教授3人，博士生3人，副高級職稱以上教師36人，碩士學位教師81人，省級專業帶頭人3人。
學校建立了國家職業資格鑒定站和各類職業技能培訓基地，以及中醫藥文化研究中心、旅遊文化研究中心、曹操研究中心、華佗研究所，並與《亳州晚報》聯合出版《健康周刊》面向全國發行。
學校是安徽省先進就業單位，安徽省紅十字會先進示範學校，安徽省綠化工作模範單位。是安徽省“十二五”期間高職院校建設重點支持單位，安徽省高職院校A聯賽成員單位，淮海經濟區高職院校合作協會理事單位，亳州市第五屆、第六屆文明單位。學校團隊獲得2012全國職業院校技能大賽智能電梯安裝與維護項目二等獎、2012全國職業院校技能大賽中國傳統技能大賽三等獎、個人二等獎。