康熙十三年(1674)，三月，安南將軍奉命鎮守京口(今江蘇丹徒)，定南將軍希爾根赴江西，楊威將軍赴阿密達鎮(今南靖)江寧，平南將軍隨麗塔赴杭，平口將軍根巴魯助粵，鎮東將軍拉哈德駐守江南，保護東南富庶地區。周密周密的措施，避免了江西吳、耿會師危機的出現。
康熙十三年(1674)十二月，康熙采納華山的建議，提高綠營人的地位，封甘肅巡撫為“平定叛亂將軍”，委托他收復王。經過幾個月的努力，王終於投降，西北局勢趨於穩定，為平定三藩之亂提供了保障。
康熙十五年(1676)二月，康熙向耿傳話，若能回心轉意投降，視為如故。當鄭靜乘機返回內地，占領耿大後方時，康熙采取了遠交進攻的策略，默許了鄭靜的行為。到今年6月，耿與鄭的矛盾尖銳。在強大的政治和軍事攻勢下，十月初四日，耿率領文武百官出城迎敵。康熙命耿留在京南，領兵鎮壓鄭靜，將鄭靜趕出全州。福建和浙江相繼被平定。
康熙十六年五月，陜西、福建、廣東相繼平定，康熙開始了對吳三桂的圍攻。
康熙十九年(1680)，康熙下令清軍分三路進軍吳三桂的老巢雲南，向叛軍發起總攻。不久清軍入侵雲南，包圍了起義軍的大本營昆明，守軍大部分投降。
康熙二十年(1681)，歷時八年、影響大半個中國的三藩之亂終於被平定。