萬密齋在總結前人經驗和長期臨床實踐的基礎上，進壹步完善了小兒生理病理理論，提出了“三實四虛”理論，即“肝常有實，心常有實，陽常有實，脾常不足，肺常不足，腎常不足，陰常不足”。比如《兒科學》中說“肝常有余，脾常不足，為臟之氣。蓋肝為小陽之氣，生子如穆為小陽生長之氣，故為盈。胃酥薄，谷氣不充，此脾不足。”所謂虛實，不是指壹般的虛實，也不是“邪盛實，精虧”的病理狀態，而是先從小兒的生理特點上進行論證，進壹步論證小兒的病理特點。如“肝常有盛”指小兒在生理上生長發育迅速，如草木萌芽，生機勃勃，得益於肝主生發之氣的旺盛；病理特征是指小兒感邪後易化熱為火，導致肝風。萬密齋所說的“脾虛”是指兒童生長發育迅速，對精微物質的需求比成人更迫切，而脾控制運化的功能尚未完善。為了滿足不斷生長的需要，脾胃必須不斷提高對細微物質的運輸和轉化能力；病理上是指兒童飲食不當，寒溫失調，容易造成脾胃運化失調，導致脾胃病。萬密齋的“虛有余”理論，進壹步豐富了小兒“虛易實，寒易熱”的病理特點，為指導兒科臨床治療提供了系統的理論依據。
第壹次訪問，第四次訪問和參考。
萬密齋非常重視義診。因為兒科又叫“啞科”，寶寶不會說話，但會說話的人不壹定可信。此外，就診時頻繁的哭鬧使診斷變得困難，因此就診尤為重要。
萬密齋在《片玉心書》中指出:“我們看小兒病，要先看，後切脈。”。《嬰兒護理的秘密》中也說:“孩子生病看外表，年輕人負責驚嚇，紅色負責發燒，黃色負責營養不良...肝病中脾、唇、心、舌相通，肺病常認鼻腎在耳。”“得病時，觀其形色，可知五臟之治，故能補瀉，意生，妙哉。”以上論述足以說明萬在兒童疾病的診治中非常重視檢查。
萬密齋在強調出診的同時，也註重四診結合。比如《兒科學》這出戲裏就說“看、聽、問，也是醫生的壹大解決方法”。“孩子大小不同，疾病深淺不同。看形狀和顏色的區別。若能細究，可窮盡神聖之工藝，看封面者，不可辨其色。.....聽者知道其癥狀；.....提問者要求疾病調查它的起源；切脈之人審疾。”在區分壹種疾病的寒熱虛實時，強調了望診要結合其他診斷，真正熱的人壹見面就會臉紅，這就是色實；脈數，即脈盛；便秘，尿黃，口渴，氣短，腳和小腿熱是癥狀。只有色、脈、癥實，才能確定為實熱證，宜寒涼治療。但面白、脈略重、大便清、腹脹、嘔吐、腳脛冷、色、脈、癥虛，可辨為虛寒證，可用溫補法治療。
判斷治療原因，重視脾胃
萬密齋對小兒常見病、多發病的病因、病理提出了許多新觀點。如果萬認為急性驚厥和緩慢驚厥是癥狀，就必須檢查病因。急性驚厥的原因有三:外因是感到寒濕濕熱而失治者；內傷、發燒、得不到治療是內因；從受驚的客人身上得邪的，內外不固。在臨床表現上，萬氏綜合征分為急性驚厥綜合征，包括臍風抽搐、腹瀉抽搐等。急性驚厥綜合征是指反復驚厥引起的癲癇綜合征；區分自然釣魚致癇、蠕蟲病致癇等9種急性驚厥疑似證候；首次提出“因急性驚厥而癲癇者”、“因急性驚厥而癱瘓者”、“急性驚厥後無語者”等急性驚厥後遺癥。詳細的論述極大地豐富了前人的理論，為後人的進壹步研究提供了理論基礎。對天花、麻疹等疾病也有獨到的見解，如痤瘡皮疹的治療，主張“溫涼瀉，各具特色”，摒棄了以往醫家的偏見。萬在治療上重視脾胃，用藥精而輕。
《兒科學》中強調:“胃主受，脾主運，脾胃強，四肢安，脾胃弱，百病生，調理脾胃也是藥中之王。”“調理的方法不限於藥物，只限於奶媽。飲食，慎藥，使脾胃不傷，則常固。”小兒脾胃最容易受傷，是因為氣、脾不足，飲食、寒性、溫度不能控制。萬密齋把“節儉飲食，謹慎用藥”列為兒童保健防病的首要原則。治病時，宜“治病為主，註意不要上火傷胃”。在用藥上強調“取其平而補其瀉，尤忌牛，不可石多辛熱耗陰，苦寒陽傷胃”。臨床常用魏萍散、淩薇丸、龔毅散，反對當時濫用丁香、砂仁。萬密齋的藥都是精制的，藥方多為祖傳或自擬。劑型上廣泛采用丸、散，輕而有力，方便兒童服用。如“萬氏牛黃清心丸”已成為中醫經典，萬氏十三大祖傳驗方也廣泛應用於臨床。萬密齋還主張應用推拿、針灸、熨臍、藥浴等外治法治療小兒疾病。
治學嚴謹，守法不渾
萬密齋壹生治學嚴謹，求實不虛浮。無論是前賢之論，還是祖宗之法，他都要反復實踐，才作詳細論述，從不盲從。比如傳世十三方的應用，不僅在《方劑學》中有所闡述，還列舉了大量的醫案，從理論到臨床都給後人看得壹清二楚。萬的醫學理論多繼承前人經驗，遵從、南、傷寒論，借鑒丹溪、東源學派，特別崇拜的學術觀點，但不迷信，以務實的態度對待。如《小兒藥證方》中有益黃散補脾胃，對很多人有時有效，而萬認為“益黃散治脾胃虛寒太有效，亦為奇藥，補脾胃虛寒是不對的”。
因為方中丁香辛熱，火更強，土更弱，青皮陳皮瀉肺，肺為脾之子，脾其實要瀉子，所以脾土更弱。因此，不宜用益黃散補脾胃，而宜用龔毅散。萬批評用了太多的石頭。總之，萬密齋不僅總結了唐宋以來中醫兒科學的理論和實踐，而且以自己的經驗發展了中醫兒科學，為中醫兒科學事業做出了傑出的貢獻。
萬密齋的著作和學術思想幹凈純粹，博大精深，涉及兒童、婦女、內科和優生、優育、延齡、廣傳、養生、保健等方面。回顧過去，因為它是承前啟後的橋梁，對明清時期的臨床醫學產生了深遠的影響。展望未來，因其以人為本，方藥齊全，治法靈活，實用性強，對當代中醫理論研究和臨床工作也有重要的參考價值，其中著名的有《萬氏女家支》、《文獻綜述》、《婦科摘抄》、《嬰兒保健秘笈》、《牛痘心法》、《傷寒摘錄》、《救命之歌》等。因此值得深入探討和開發，造福全人類。
醫學名稱的遠程廣播
醫生萬密齋不僅繼承了家傳的知識，而且繼承了父親以蘇、南為主的遺訓，精研脈經、本草，博采仲景、河間、東原、丹溪，精通內科、婦科、兒科和養生，尤其擅長家庭兒科和痤瘡皮疹。從嘉靖到萬歷都是有名的。根據萬密齋的病歷記載，他的行醫足跡遍布羅田、淇水、英山、麻城、黃岡等鄰近各縣，遠至五常、雲陽乃至京城，在世者不計其數。他不僅醫術高超，而且醫德高尚。他“以活人為心”，“以人子為己子”，“不以勢利導”；他痛斥庸醫誤導民眾，反對巫醫混淆視聽；他對待病人不分血緣、世仇、富貴、尊嚴，同情病人的疾苦；當壹個生病的家庭要求治療時，他致力於搶救。遇到危重病人，他常常日夜守護，有時還留在病友家過年，深受四面八方百姓的喜愛。
萬密齋是與李時珍齊名的著名醫學專家。明代有“萬密齋方為李時珍藥”之說。經常被縣裏、政府、外交部、總督請去治病。曾兩次被羅田縣令朱和湖廣縣右外大臣孫授予“儒醫”牌匾，當時被稱為“神醫”。他死後，清朝康熙皇帝封他為“醫聖”。康熙四十七年(1708)，羅田縣令沈廷珍親自重修墓碑，並題詞。碑文中有“國封醫聖”字樣，字跡至今清晰可見。明清時期國內外許多醫家對萬評價很高。如清代醫學家、日本的湯本求實、丹波、朝鮮的徐鈞等，他們的著作中引用了大量萬醫書的內容，如《婦兒宗成》、《醫學》、《雜病廣要》、《東方醫學寶典》等。日本學者池田柔行引用萬的著作《論辯的本質》。另外，據說還有很多書沒有印出來。1999萬密齋被國家列為明清30大名醫，《萬密齋醫學大全》被中國醫藥出版社收入《明清名醫大全》系列。