神農本草經稱豆芽為“黃豆黃卷”。中國發明豆芽2000多年，發明人無從考證。最早的豆芽是由黑大豆制成的。神農《本草經》中，將“黃豆黃卷”列為“國貨”，做法說:“黃卷之制法，冬末春初用京華泡黑豆，芽長五寸時，曬幹即黃卷。打通需要時間，要帶飯。”它的名字解釋為:“大豆黃卷，比發芽到達分蘗的大豆(niè)長十倍。從根子上來的震撼，從枷鎖上來的震撼，從枷鎖上來的枷鎖，從枷鎖上來的枷鎖(這句話指的是豆芽的過程)。剛生下來的時候，黃黃卷卷的，直直的木頭都準備好了。木藏於肝，真相藏於肝。肝藏，筋膜氣也。大筋聚於膝，屬谷。因此，主要濕痹和肌腱攣縮，膝蓋疼痛不能屈曲和伸展。屈伸直，象形循規。”早期豆芽最早用於食療，後用於道教養生。
豆芽，作為素菜食用，最早見於林鴻的《山甲清宮》:“在溫嶺(今福建全州)，中原(農歷七月十五)前幾日，黑豆浸露。和芽，把麩皮放在鍋裏，鋪沙種豆，用板壓。長的話用桶蓋著，天亮了就是晴天。我要它整潔，不為風吹日曬。元朝時，陳在祖先之前來到，三天後復活。洗凈，用油、鹽、苦酒、香料焯壹下就可以當ru，用芝麻餅卷著吃特別好。色澤淡黃，名曰‘鵝黃生’。”同樣的文字也可以在《雙槐隋抄》中找到。
在《東京夢裏花》中，豆芽被稱為“種”:“綠豆、紅小豆、小麥放在瓷器裏，用水浸泡，發芽數寸，捆上紅藍草，稱為“種”，全部擺在街中心出售。”
陳在《歲時錄》中，把“豆菜”稱為“生花盆”:“京城七夕十日，水漬綠豆化為豌豆，便於天天澆水。當芽長到五六寸時，幼苗就可以自立了，所以可以放在小盆裏，可以叫“生花盆”，也可以叫“發酵花盆”。
在宋代，吃豆芽相當普遍。豆芽、竹筍和蘑菇壹直被列為三大素食佳肴。宋元時期吃豆芽，主要是涼拌。《逸雅遺事》記載其方子:“將綠豆用冷水浸泡兩夜，待水漲，洗兩遍，曬幹。提前把地板打掃幹凈，灑上水，鋪壹層紙，紙上放豆子，蓋上鍋。每天灑兩次水，等芽長出來，去殼。沸湯微煨，姜醋拌之，肉燥尤宜。”
明清以後，還有人把食用的野菜或水生植物當湯，油炸，用雞汁、海豚汁燙。各種豆芽中，豌豆苗比較好吃。《清稗鈔》註:“豌豆苗在別處蔬菜中常見，但在閩中視為稀有。每次在酒席上，我都看到清湯裏有幾片漂浮的綠葉，莖有六七寸長。但是，在購買的時候，是兩個算壹個，每個二三十塊錢。”
吃豆芽需要掐根掐豆，所以在清代被稱為“掐菜”。到了明清時期，學者們開始註意豆芽要化成湯。《隨園食單》有壹篇豆芽說:“豆芽軟脆，我頗愛吃。炒菜壹定要熟爛，食材的味道才能和諧。可搭配燕窩，柔中帶剛，白中帶白。但是，陪妳是極其昂貴的，因為它的吝嗇。許多人對此嗤之以鼻。不知道只有窩能陪著姚順兒。“巢父和許由，兩人都是隱士。姚想把皇位讓給，但不接受。姚欲讓位給，其巢謂隱居。