1.根治疾病
《內經》提出“治必以精為本”，而《學記》沿襲了《內經》的思想，非常重視這壹點。他的治病求本思想主要體現在兩個方面:
第壹，他強調運用辨證論治，尋求病根。所以他在《明醫雜書註》中說:“凡治病不治標者，皆無知。”強調辨證論治求根的重要性。又說:“張結古先生說:‘五臟虛母虛，邪氣略正。如果妳沒有達成妳的意願，那就不容易得到。徐永成先生說:‘任何心臟病，必先調理肝腎，腎為心之鬼。肝氣壹般調節心氣的和諧，肝氣郁結導致心氣不足。這個心臟病壹定要求肝，清源。五臟得病，會傳勝，水勝火，所以腎之邪會傳至心，所以先治腎，驅走其邪。在這裏借用了張和徐永成的話，說明在臨床上，我們應該把人體作為壹個整體來對待。在五臟中，任何臟病損不僅與自身有關，還會有其他臟腑的影響。臟腑之間有很多關系，比如克制和虐待的產生，母子之間的相互作用。此外，還應加以辨析。以心臟病為例，提出肝的釋放可以影響心氣。
根據腹痛的辨證，薛的面色黃而常綠，左脈長，右脈緊。黃屬土，腹痛多屬脾，但其面色青，青為肝色，弦為肝脈，故辨證屬肝郁脾虛之證。用半夏和木香的益氣湯治療，充分體現了其辨證論治的思想。
二是強調人以胃氣為根本。《內經》壹書中提出“有胃則生，無胃則死”。金元時期的醫生李東垣撰寫了《脾胃學說》，強調脾胃的內傷導致所有疾病。薛在繼承前人學術思想的基礎上，對其進行了繼承和發展。他說:《內經》有幾千字，旨在說明人天生有胃氣，胃氣是四時之本。他進壹步解釋說:“人以脾胃為根本，取五谷之精，精為人，濁為人胃。陰陽據說是和諧的，所以陽發於四肢，陰行於五臟；土旺四季，善承載壹切。人得土養骨架，失土幹四肢。”
覆蓋脾胃是人體的根本，水谷的殺生運化全靠它，精微的氣血全靠它。五臟的營養都取決於脾胃的強弱。所謂“中土填四方”。正氣方面，雖然根植於先天的腎命，但它不斷滋養脾胃，正氣的盛衰對人體抵禦外邪、消除疾病、維護健康至關重要。正氣充盈，才能祛外邪，維護個人健康。有了這個說法，治療的根本就是恢復正氣，滋養脾胃就成了治療的根本，所以薛基提出“胃是五臟之源，人體之根。”
2.滋養它的源頭
薛滋補氣血的源流是指在治療疾病中，滋補人體、氣血、精液化生的源泉。薛認為，人體後天生化之源屬脾胃，土為萬物之母，故自然界非土不能長萬物，而脾胃五行屬土，中土灌溉四方。只有脾胃旺了，人體的臟腑四肢才能得到滋養，所以薛基說“脾土補之，源才能養，金水才能共長。”因為脾氣飽滿，肺金自然旺盛，化源充足，陰精自盛。肺腎強健，能養肝降心火，五臟自平衡。因此，黃律素在解釋薛的《修養起源論》時說:“消息來源是什麽？蓋脾土養肺，金生水，水平心自。”
正因為如此，石雪可以用此法治療脾胃虛寒引起的咳嗽，後世稱之為“培土生金”。石雪的養本治法，意在通過滋養脾胃來達到滋養五臟的目的，所以他說:“癥屬氣血兩虛，脾胃虛弱，津液血燥，大便難行，故法當養本。”
薛的補源理論雖以脾胃為重，但其具體的補源治療並不局限於脾胃。根據腎、命門、脾胃的關系；認為除了直接治脾胃，還要求腎生，所以常用六味丸、八味丸加減。他在《明雜醫筆記》中說:“所以，凡致病者，皆是氣血不足，或精血未滿而縱欲，根本不固，火不歸經，故難以見癥。雖常補陰以控火，但兩腳有陰陽水火，互為生化。陰陽在兩臟的時候，要平衡。若左尺脈弱，細數，為左腎真陰不足，用六味；右腳脈緩而軟，或右腳脈深而細，傷心人數不足，則用八味。至於兩腳無力，是陰陽兩虛，用十補丸，是其源。”這篇文章認為腎和生命是陰精和楊琪的基礎，雙手的脈搏，左腳屬於腎，右腳屬於命門。若見左右足脈不足，則應循腎、命手、資源。
3.溫脾胃
薛認為，脾胃的盛衰與人體健康密切相關。在討論疾病的發病機理時，深受李東垣脾胃學說的影響。重點分析脾胃虛寒。他曾說:“人胃氣受傷，虛證就會上升。”他還說:“如果六淫從外侵入，就會看到癥狀，也是因為內氣虛，外邪侵襲。”說明內傷外感引起的疾病都與脾胃虛弱有關。這與李東垣“脾胃之氣傷，元氣不能充，百病皆因之”的觀點如出壹轍。
在具體治療方面，薛主張“脾胃為氣血之本，若陽氣虛弱，陰血不能生，則用六君子湯；對於因陽虛不能生陰血者，也用錢塘湯炮制生姜；若胃熱生陰血，宜用四物湯；脾胃虛寒不能生陰血者，應為八味丸。”“內傷發熱，因暴飲暴食，勞損過度，元氣喪失，陰火可占其土位，故孤獨發熱，宜用補中益氣湯，以養其陽。若因勞累、起居不當、失血、虛火而發熱，則用六味地黃丸補陰；妳不能把它想成綽綽有余的火，而要用黃柏和知母。”“陽虛發熱者，宜補中焦補陽湯；陰虛發熱者，宜用六味地黃丸滋陰養血。總的來說，雖然有陰陽、氣血的區別，但其實都是脾胃陽虛所致，其發熱屬於病證兩虛。故禁服黃柏知母，恐再損陽耳。”從上面可以看出，薛集不僅接受了李東垣脾胃病中陰虛火旺內傷發熱的治療，而且主張溫養脾胃以養脾胃之陽，使楊燦生長，人體陰陽得以恢復，形成了溫養脾胃的治療特色。當然，對於火衰土弱的虛寒證，指出火能補土，強調腎命對脾胃的溫補作用，這是《東原》所沒有的。
4.溫補腎陽
薛對腎命的認識也較前人發揮了更大的作用，形成了自己的學術特色。他對命門的認識還沒有脫離《難經》“左腎右命門”的理論，對腎命的認識已經被王冰“強水平陽之主”。益火之源，消影”。正如他所說:“所以，無火者，宜用八味丸，益火之源，消陰之用。“沒有水的人用六味丸加強水主，平復太陽。但之所以治病人，皆是以氣血為本，卻累而虧本，或精血未滿，卻縱欲無度，根本不固，火不返經，難證。”石雪用《金匱要略》中的八味丸和錢乙《小兒醫學證治指南》中的六味丸治療各種虛癥，使補腎法被廣泛用於治療雜病，對後世影響很大。比如趙先科的命門學說及其治療就是受其啟發。