蘇文主要論述了自然界的變化規律、五運六氣、人與自然的關系、生理、病理、病因、診斷、治療原則、藥物、病證、治療方法、養生等。
靈樞主要論述自然事物、人與自然、人體生理、病因病機、攝入、診斷、治療、醫德等變化規律。靈樞的核心是臟腑經絡理論。
在理論上，《黃帝內經》為傳統醫學建立了以下理論，即陰陽五行理論、脈象理論、藏象理論、經絡理論、病因理論、病機理論、病證、診斷方法、治療、養生理論和運氣理論。
《黃帝內經》的另壹個重要內容是運氣學說的建立，用以研究“五運六氣”。它以五陰六氣三陰三陽理論為基礎，配合天幹地支來衡量氣候變化和疾病流行發展的規律。這是壹種將人體生理變化與自然氣候變化相統壹的“天人相應”的學術理論。