B、硝化菌不能利用亞硝酸和硝酸作為自身成分，B是錯誤的；
C、硝化菌被歸為自養生物，因為它能利用物質氧化時釋放的能量，將空氣中的二氧化碳合成有機物為己用，C是正確的；
D、硝化菌可以利用氨氧化過程中釋放的化學能合成有機物，而不是直接合成ATP，D錯誤。
所以選擇:c。