實驗動物中心
實驗動物中心主要提供標準化的實驗動物和動物實驗環境，為省內外生物醫學研究提供優質服務；根據本省和本校實驗動物從業人員的需要，組織動物飼養、管理和實驗技術相關培訓；承擔全校醫學實驗動物學教學任務，努力建設我省實驗動物學重點學科和重點實驗室；開展實驗動物科學研究，培育品種和品系，制作疾病動物模型，開發轉基因動物模型。
臨床藥理學研究所
臨床藥理研究所是我國從事抗炎免疫藥理和臨床藥理研究的主要學術單位之壹，也是安徽醫科大學重要的教學科研單位。主要開展炎癥免疫疾病的病理機制研究、抗炎免疫藥物和創新抗炎免疫藥物的基礎和臨床研究，在類風濕性關節炎、急慢性肝損傷、肝癌的病理機制和治療藥物研究方面取得顯著成績。
安徽省轉化醫學研究院
安徽轉化醫學研究是省編辦批準的安徽省首家轉化醫學研究機構。該院以轉化醫學研究為核心職能，以創新為核心，充分利用生命科學、工程、醫學等學科優勢，搭建高水平研究載體和平臺，推進協同創新，主要承擔轉化醫學研究、成果轉化、人才培養、合作交流等職能。