衣原體是壹種革蘭氏陰性病原體，可以穿過細菌過濾器，寄生在細胞內，具有獨特的發育周期。衣原體是壹種比細菌小，但比病毒大的生物。它是壹種專性細胞內寄生病原體，類似於細菌和病毒，具有兩個階段的生命周期。它沒有合成高能化合物ATP和GTP的能力，必須由宿主細胞提供，所以成為能量寄生物，多為球形，堆狀，有細胞壁和細胞膜。屬於原核細胞，壹般寄生在動物細胞內。目前衣原體有四種:沙眼、肺炎、鸚鵡和家畜。
肺炎衣原體被認為是肺炎、支氣管炎和其他呼吸道感染的常見原因。牛衣原體只存在於牛和羊；鸚鵡熱衣原體會導致鸚鵡熱，這是由人類吸入受感染鳥類糞便中的幹燥灰塵顆粒引起的。起病常表現為高熱、頭痛、肌肉疼痛、寒戰及上下呼吸道不適，部分患者可並發腦炎、心肌炎或血栓性靜脈炎。沙眼衣原體不僅能引起沙眼，也是公認的性傳播疾病的來源之壹。幾乎壹半的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原體感染引起的。還可引起尿道綜合征和性病淋巴肉芽腫、男性尿道炎、附睪炎、女性不孕癥、宮頸炎、盆腔炎等。通過產道的新生兒感染可導致新生兒眼炎或