1.中醫以陰陽五行學說為基礎，將人體視為氣、形、神的統壹體。它通過望、聞、問、感的方法，探索疾病的病因、性質、部位，分析病機、臟腑經絡、關節、氣血津液的變化，判斷邪的盛衰，進而得出病名，總結證型。
2.蒙醫學以“何儀”、“希拉”和“巴達幹”的關系為理論基礎來解釋人體的生理和病理現象。所謂“何儀”是指各種生理功能的原動力。所有的思維、語言、動作和各種器官的功能活動都受它支配。如果“何儀”功能異常，會導致臟腑功能減弱，表現為精神異常、失眠、健忘等。“希拉”的意思是性感。身體的溫度，各種組織器官的熱能，精神上的興奮都是希拉扮演的。“希拉”偏高時，會出現各種熱病，如口苦、吐酸、表情狂躁等。“八大甘”是指體內的壹種粘稠物質，具有寒涼的特性。“八大幹”的功能失調不僅表現為壹般的寒癥，還容易導致水液停滯，各種分泌物增多。
其次，中醫是二元論，藥理學是四元五味，而蒙醫的基本原理是經絡，三元論，藥理學是五元六味。