首先，最常見的不良反應是川烏。中醫認為川烏具有祛風除濕、溫經止痛的功效。是治療風濕關節痛的常用中藥。它的主要成分是烏頭堿。研究表明，過量攝入烏頭堿可引起心臟毒性和神經毒性。木通木通也是不良反應發生概率較高的中藥之壹。
另壹類不良反應是雷公藤。雷公藤具有活血化瘀、清熱解毒的功效。並且現代研究發現雷公藤中含有多種高效抗癌成分，包括雷公藤內酯醇、雷公藤紅素，對人體會產生毒副作用。目前其毒副作用尚不完全清楚，但對肝、腎、胃、血液、免疫系統、生殖系統有壹定的損害，尤其影響生育能力，從而限制了其臨床應用。
事實上，幾乎所有的藥物都可能造成身體上的傷害，中醫也從未否認或忽視這些潛在的危險。這也是中藥處方由配伍、劑量調整、炮制決定，從而降低中藥毒副作用的原因。在漫長的歷史中，中草藥確實發揮了其獨特的作用，受到了國內外醫學界的青睞。但是，藥物只有正確使用，才能產生治療效果。使用不當會產生毒副作用。所以，只有正確的認識中藥，使用中藥才是至關重要的。