首先，學院設有五個系，分別是:護理系、臨床醫學系、中西醫護理系、預防保健系、口腔科。其中護理系是學院的骨幹，有護理、康復、助產等幾個專業方向。臨床醫學系是醫學專業的主要科室之壹，設有醫學影像、臨床醫學等專業方向。中西醫護理系是學院中頗具特色的壹個系，設有中醫護理、西醫護理、針灸推拿等多個專業方向。
護理學院是衛生類高職院校護理專業教學指導委員會指導下的全國首批示範院校，擁有中華護理學會護理倫理分會、中華醫學會精神衛生分會課程培訓基地等多項資質。醫學影像學院是醫學影像專業的主要學校之壹，主要涵蓋醫學信息工程、臨床醫學影像等專業方向。
重慶衛生職業學院的院系完全覆蓋醫藥衛生的各個方面，能夠提供全方位的學術支持和專業知識，為學生提供廣闊的學習和發展空間。
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