第四十五條違反本辦法規定的行為，有關法律、法規已有處罰和處分規定的，從其規定。第四十六條食品藥品監督管理等部門及其工作人員有下列行為之壹的，由有權機關按照管理權限，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予行政處分：
（壹）未按照本辦法第三十七條、第三十八條規定實施監督檢查、抽查的；
（二）未按照本辦法第三十九條規定向社會公布醫療機構使用藥品、醫療器械質量抽查檢驗結果的；
（三）未按照本辦法第四十三條規定公布和處理投訴和舉報的；
（四）未按照本辦法第四十四條規定查處、移送以及對醫療廣告的監督管理進行綜合評估的；（五）有其他徇私舞弊、玩忽職守、濫用職權行為的。
第四十七條醫療機構有下列情形之壹的，由縣級以上食品藥品監督管理部門責令限期改正；逾期未改正的，可處1000元以上1萬元以下的罰款：
（壹）未依照本辦法第七條規定對藥品、醫療器械進行進貨查驗的；
（二）未依照本辦法第八條、第九條規定對購進的藥品、醫療器械作出驗收記錄的；
（三）未依照本辦法規定儲存、養護藥品、醫療器械的；
（四）未依照本辦法第二十五條、第二十六條規定建立並執行醫療儀器、設備安全使用管理制度、使用人員上崗培訓制度以及維護和安全檢測制度的；
（五）未依照本辦法第二十七條規定對植入性醫療器械使用進行登記的。
第四十八條醫療機構有下列情形之壹的，由縣級以上衛生行政部門責令限期改正；逾期未改正的，可處1000元以上1萬元以下的罰款：
（壹）違反本辦法第十六條、第十七條規定使用藥品和醫療器械的；
（二）未依照本辦法規定開具、審核、調配處方，配發藥品的；
（三）未按照本辦法第三十四條規定向就診者提供價格清單，或者對就診者的詢問未及時作出答復的。
第四十九條醫院類醫療機構未依照本辦法第二十九條、第三十條規定，建立並執行藥品、醫療器械非正常使用控制制度和處方評估制度的，由縣級以上衛生行政部門責令限期改正；逾期未改正的，可處3000元以上3萬元以下的罰款。
第五十條醫療機構違反本辦法第三十三條第壹款規定，繼續使用不合格藥品和醫療器械的，由食品藥品監督管理部門依照國家有關法律、法規的規定予以處理；繼續使用質量可疑的藥品和醫療器械的，由食品藥品監督管理部門責令停止使用，可根據情節處2萬元以上5萬元以下的罰款。
醫療機構違反本辦法第三十三條第二款規定，對不合格或者質量可疑的藥品和醫療器械自行退貨、換貨的，由食品藥品監督管理部門責令限期追回，可處5000元以上5萬元以下的罰款。
第五十壹條醫療機構及其有關人員違反本辦法第四十壹條規定，收受回扣或者其他利益的，依照《中華人民***和國藥品管理法》、《中華人民***和國反不正當競爭法》的有關規定實施處罰。
醫師違反本辦法第四十二條規定，牟取不正當利益的，依照《中華人民***和國執業醫師法》第三十七條規定實施處罰。
第五十二條醫療機構瞞報、緩報藥品不良反應、醫療器械不良事件的，由縣級以上衛生行政部門給予通報批評，可處1000元以上3萬元以下的罰款；對直接負責的主管人員和其他直接責任人員，由有權機關給予紀律處分。
第五十三條醫療機構瞞報、緩報藥品和醫療器械使用安全事故的，由縣級以上食品藥品監督管理部門給予通報批評，可處3000元以上3萬元以下的罰款；對直接負責的主管人員和其他直接責任人員，由有權機關給予紀律處分。
第五十四條醫療機構未按照本辦法規定公布藥品、醫療器械價格的，由價格行政主管部門依法予以處理。
第五十五條醫療機構違反本辦法規定，給就診者造成損害的，依法承擔賠償責任。第六章附則
第五十六條對醫療機構使用麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品、放射性藥品以及疫苗的監督管理，按照有關法律、法規規定執行。
第五十七條計劃生育技術服務機構藥品、醫療器械使用的監督管理，參照本辦法執行。
第五十八條本辦法自2007年12月1日起施行。