許多患者常認為尖銳濕疣和扁平濕疣兩者是同壹種疾病，其實不然。兩者區別如下：典型的尖銳濕疣壹般不需作實驗室檢查即可作出診斷。當患者癥狀不典型，部位不典型，特別是婦女，其陰道口可有類似於尖銳濕疣的假性濕疣，需作實驗室檢查以明確診斷。 常用的實驗室檢查有如下的方法： (1)細胞學檢查 取陰道、子宮頸等部位的濕疣組織作成塗片，作帕氏染色。在塗片中可以見到兩種細胞，壹種細胞的核周圍有暈環，它占據了細胞漿的大部分，而將細胞漿壓縮到邊緣呈濃縮狀，此種細胞稱為空泡化細胞，它來源於淺層的鱗狀上皮細胞；另壹種細胞稱為角化不良細胞，可單個或成堆分布，胞漿呈橙紅色至淡黃色，核小而致密。在尖銳濕疣病的的塗片中這兩種細胞常可混合存在。 (2)組織病理變化 主要為角化不全，棘層高度肥厚，乳頭瘤樣增生。粒層和棘層上部細胞有明顯的空泡形成。棘細胞基底細胞有相當數量之核分裂，頗似癌變，但細胞排裂規則，且增生上皮和真皮之間境界清楚。 (3)組織化學檢查 取少量病損組織制成塗片，用特異性抗人類乳頭瘤病毒的抗體作染色。如果病損中有病毒抗原，則抗原抗體結合，在用過氧化物酶抗過氧化物酶(PAP)方法中，核可被染成紅色。此法特異性強且較迅速，對診斷有幫助。 對尖銳濕疣的實驗室檢查，目前還很不成熟，組織學檢查和組織病理檢查都有壹定的誤診率，需在條件好的醫院檢查。 扁平濕疣是由梅毒螺旋體引起的，是二期梅毒的壹種典型皮膚表現，常發生於陰部，肛門等處。表現為成群分布於生殖器和肛門部位．較大而扁平的丘疹，常對稱，表面光滑．濕潤．色澤淡紅或粉紅色，無明顯角化，質地軟，不痛．境界清楚，感染後糜爛，有分泌物。扁平濕疣的丘疹內含有大量的梅毒螺旋體，有傳染性，分泌物如果做暗視野顯微鏡檢查可見梅毒螺旋體。梅毒血清反應試驗均為陽性，醋酸白試驗陰性。由於尖銳濕疣和扁平濕疣是兩種不同的病癥，在臨床加以鑒別是十分重要的，否則治療錯誤，延誤治療。
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