防治番茄黃化曲葉病毒病需要綜合措施；
(1)選擇抗病和抗病品種，番茄黃化曲葉病毒病主要由粉虱傳播。由於煙粉虱具有很強的生存能力和發展性，很難阻止病毒的傳播和蔓延。同時，這種病毒危害很大，幾乎無法治愈。因此，尋找抗病毒品種是消除具有威脅性的番茄黃化曲葉病毒病的主要策略。據悉，國內番茄育種單位和種子公司都進行了抗病育種。如浙江省農科院育成浙雜301，杭州市農科院育成杭雜3號、杭雜3號。近年來，亞洲蔬菜研究中心也引進了幾種抗病品系。
(2)培育無蟲苗，①苗床應與田間生產分開。(2)改進育苗方法。遠離秧苗育秧，全程用40-60目防蟲網隔離隔離秧苗，確保煙粉虱不能進入棚內，或及時防治煙粉虱或在苗床上掛“粘塑料板”捕殺煙粉虱，減少病毒傳播媒介，避免秧苗感染。③及時檢查。苗期發現病株要及時清除，減少病毒來源。
(3)加強田間管理:①移栽前應在保護區內進行煙熏和病蟲害防治，在番茄整個生長期內，通風區域覆蓋40-60目防蟲網。；保持田地濕潤，管理少量肥料和水。反復，增加磷鉀肥的施用，促進植物健康生長，提高抗病能力。②搞好環境衛生，及時拔除病株，清除低等昆蟲、蟲卵、枝葉，清除邊緣雜草，減少蟲源。③提高植物的抗病能力，噴施葉綠素、油菜素內酯等營養物質，促進葉片的綠化，提高植物的光合效率。④種植番茄，避免煙粉虱高發。⑤使用防蟲網防止昆蟲進入。⑥用黃板誘殺煙粉虱。
(4)化學防治，重點是煙粉虱的防治和統壹防治。由於煙粉虱繁殖能力強，傳播速度快，具有突發性、爆炸性和毀滅性破壞的特點。因此，有必要以連續的方式進行統壹防治，以減少煙粉虱在相鄰田間的遷移，提高防治效果。(1)移栽幼苗前7天，應進行化學處理，避免昆蟲或有毒植物移入溫室；移植後應及時使用藥物(丙酸、撲熱息痛、撲熱息痛、甲基阿維菌素、綠穎)。采收後，應及時清理溫室及周圍環境，清除殘留的枝葉和果實。用化學藥品(磷酸三鈉等)給溫室消毒。)並關棚7天以上，殺滅殘留害蟲和細菌。
②通過控制溫室內煙粉虱的傳播來控制病害的發生。自從煙粉虱零星發生以來，人們交替使用殺蟲劑進行防治。現有農藥有99.9%稀釋200-300倍的綠鷹農用礦物油、20%稀釋3000倍的撲熱息痛和25%稀釋的異丙嗪WP1000？1500倍，25%阿克泰水分散粒劑稀釋2000？3000倍，2.5%天王星EC 2000？3000倍稀釋、1.8%阿維菌素1500倍稀釋、1%甲氨基阿維菌素2000倍稀釋等化學藥劑噴灑防治粉虱。因為農民使用太多含吡蟲啉的農藥，目前防治粉虱的效果很差，建議不要使用。