菌落總數是指示性微生物指標，並非致病菌指標。主要用來評價食品清潔度，反映食品在生產過程中是否符合衛生要求。菌落總數超標說明個別企業可能未按要求嚴格控制生產加工過程的衛生條件，或者包裝容器清洗消毒不到位；還有可能與產品包裝密封不嚴，儲運條件控制不當等有關。
（2）大腸菌群
大腸菌群是國內外通用的食品汙染常用指示菌之壹。食品中檢出大腸菌群，提示被致病菌(如沙門氏菌、誌賀氏菌、致病性大腸桿菌)汙染的可能性較大。本次檢出大腸菌群超標的產品均未檢出致病菌，結合居民膳食結構、抽檢情況等因素綜合分析，健康風險較低，但反映該食品衛生狀況不達標。大腸菌群超標可能由於產品的加工原料、包裝材料受汙染，或在生產過程中產品受人員、工器具等生產設備、環境的汙染、有滅菌工藝的產品滅菌不徹底而導致。
（3）大腸菌群
黴菌：黴菌超標主要原因可能是原料或包裝材料受到黴菌汙染，產品在生產加工過程中衛生條件控制不到位，生產工器具等設備設施清洗消毒不到位或產品儲運條件不當而導致。
黴菌和酵母：黴菌和酵母超標原因可能是加工用原料受黴菌汙染，也可能是流通環節抽取的樣品黴菌和酵母超標，後者為儲運條件控制不當導致。黴菌和酵母在自然界很常見，黴菌可使食品腐敗變質，破壞食品的色、香、味，降低食品的食用價值。
銅綠假單胞菌：壹種條件致病菌，廣泛分布於各種水、空氣、正常人的皮膚、呼吸道和腸道等，易在潮濕的環境存活，對消毒劑、紫外線等具有較強的抵抗力，對於抵抗力較弱的人群存在健康風險。天然礦泉水中銅綠假單胞菌超標可能是源水防護不當，水體受到汙染;生產過程中衛生控制不嚴格，如從業人員未經消毒的手直接與礦泉水或容器內壁接觸；或者是包裝材料清洗消毒有缺陷所致。
真菌毒素類項目（1）黃曲黴毒素B1
造成花生油產品中黃曲黴毒素B1不合格的主要原因有：花生原料在種植、采收、運輸及儲存過程中受到黃曲黴等黴菌汙染，企業在生產時沒有嚴格挑揀花生原料和進行相關檢測，企業沒有采用精煉工藝或工藝控制不當。
（2）脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)
小麥粉中脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)超標可能是原料小麥受到該菌汙染，企業對原料把關不嚴導致。脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)是谷物黴變的重要指標之壹，是汙染糧食和動物飼料最為廣泛的天然毒素之壹，在潮濕的環境下，被黴菌汙染的大麥、小麥、玉米、燕麥中可能會產生較多的DON。人吃了被DON嚴重汙染的谷類食品後可引起嘔吐、腹瀉、頭疼、頭暈等中毒癥狀，保持谷物和食品的幹燥是避免這壹問題的關鍵。
添加劑類項目（1）食用色素
食品存在超範圍或超限量使用甜味劑(主要是甜蜜素、糖精鈉、安賽蜜等)的情況。原因可能是企業為增加產品甜味，超限量超範圍使用或者未準確計量甜味劑；個別蜂蜜產品中檢出甜味劑，也有摻假的可能。
食品存在超範圍或超限量使用防腐劑(主要是苯甲酸、山梨酸、脫氫乙酸等)的情況。原因可能是企業為增加產品保質期，或者彌補產品生產過程衛生條件不佳而超限量超範圍使用，或者未準確計量。
食品存在超範圍或超限量使用食用色素(主要是檸檬黃、日落黃、胭脂紅、誘惑紅、莧菜紅、亮藍等)的情況。原因可能是由於企業為增加產品賣相，或者彌補原料品質較低而超範圍超量添加，或者未準確計量，個別產品食用色素超標不排除摻假。
（2）鋁殘留量
含鋁食品添加劑(比如明礬)是合法的食品添加劑，按標準使用不會對健康造成危害。根據國家食品安全風險評估專家委員會完成的中國居民膳食鋁暴露風險評估結果，我國日常膳食中的含鋁食品對壹般居民健康造成不良影響的可能性不大，但對於長期食用高鋁食品的消費者應予以關註。鋁殘留量超標的原因可能是個別企業為增加產品口感，在生產加工過程中超限量、超範圍使用含鋁添加劑，或者其使用的復配添加劑中鋁含量過高。
（3）二氧化硫
二氧化硫是食品加工中常用的漂白劑和防腐劑，進入人體內後最終轉化為硫酸鹽並隨尿液排出體外。少量二氧化硫進入人體不會對身體帶來健康危害，但若過量食用會引起如惡心、嘔吐等胃腸道反應。二氧化硫不符合標準的原因可能有，個別生產者使用劣質原料以降低成本，其後為了提高產品色澤超量使用二氧化硫;也有可能是使用時不計量或計量不準確;還有可能是為增加香辛料的保質期，防止黴變生蟲，違規對其進行二氧化硫熏蒸或添加。
（4）脫氫乙酸
脫氫乙酸及其鈉鹽作為壹種廣譜食品防腐劑，毒性較低，按標準規定的範圍和使用量使用是安全可靠的。脫氫乙酸超標的原因可能是個別企業為防止食品腐敗變質，超量使用了該添加劑，或者其使用的復配添加劑中該添加劑含量較高;也可能是在添加過程中未計量或計量不準確。
（5）納他黴素
納他黴素是壹種食品防腐劑，基本無毒，進入人體內後很難被消化道吸收。納他黴素超標的原因可能是個別企業為防止食品腐敗變質，超量使用了該添加劑，或者其使用的復配添加劑中該添加劑含量較高;也可能是在添加過程中未計量或計量不準確。
品質類項目（1）酸值(價)
酸值(價)主要反映食品中的油脂酸敗的程度。造成酸值(價)不合格的主要原因有：原料采購上把關不嚴，如食用植物油、炒貨食品及堅果制品的原料水分過高，會加速油脂的酸敗;生產工藝不達標，如植物油精煉不到位或未精煉;產品儲藏條件不當，特別是在夏季，受氣候環境影響因素更大，易導致食品中脂肪的氧化酸敗。油脂酸敗產生的醛酮類化合物長期攝入會對健康有壹定影響，但壹般情況下，消費者在使用過程中可以明顯辨別出其有哈喇等異味，需避免食用。
（2）電導率
電導率是衡量水的純度的指標。造成該類產品指標不合格的可能原因有：生產工藝存在問題，過程控制不嚴，反滲透濾膜長久未更換，過濾設備清洗不到位等。
（3）過氧化值
過氧化值主要反映油脂是否氧化變質。隨著油脂氧化，過氧化值會逐步升高，雖壹般不會對人體的健康產生損害，但嚴重時會導致腸胃不適、腹瀉等癥狀。過氧化值超標的原因可能是產品用油已經變質，或者產品在儲存過程中環境條件控制不當，導致油脂酸敗;也可能是原料中的脂肪已經氧化，原料儲存不當，未采取有效的抗氧化措施，使得終產品油脂氧化。此外，植物油精煉不到位也可能造成食用油、油脂及其制品的過氧化值不合格。
（4）揮發性鹽基氮
揮發性鹽基氮是動物性食品腐敗變質的指示性指標。揮發性鹽基氮含量越高，表明氨基酸破壞地越多，營養價值等受到的影響也就越大。揮發性鹽基氮超標說明生產用原料肉可能已經不新鮮;也可能是肉制品在腌制過程中衛生條件控制不當，受細菌汙染，導致超標。
（5）酒精度
酒精度又叫酒度，是指在20℃時，100毫升酒中含有乙醇(酒精)的毫升數。酒精度是酒類產品的壹個重要理化指標，含量不達標主要影響產品的品質。酒精度不合格可能是個別企業生產工藝控制不嚴格或生產工藝水平較低，無法有效控制酒精度的高低;也可能是個別企業為了降低成本，故意標高酒精度，以提高銷售價格，欺騙消費者;也不排除生產者的檢驗器具未準確計量，檢驗結果出現偏差的情況。
（6）氨基酸態氮
氨基酸態氮是醬油的特征性品質指標之壹。氨基酸態氮含量越高，醬油的質量越好，鮮味越濃。氨基酸態氮不合格，主要影響的是產品的風味。氨基酸態氮含量不達標，可能是產品生產工藝不符合標準要求，未達到要求發酵的時間;也有可能是產品配方缺陷的問題;還有可能存在個別企業在生產過程中為降低成本而故意摻假的情況。
其他項目（1）鉛
鉛屬於重金屬汙染物指標，主要是環境汙染帶入原料的，說明生產企業對原料把關不嚴，使用了鉛含量超標的原料，也不排除從生產設備遷移入食品的可能。
（2）溴酸鹽
溴酸鹽是飲用水生產企業在用臭氧對原水進行消毒處理時產生的壹種副產物，對人體的致癌危害國際上目前還沒有確切的定論。包裝飲用水中溴酸鹽含量主要與水源中溴化物含量或消毒時使用臭氧的量有關系。如果水源中溴化物含量高或者加入的臭氧量大可能會導致最終產品溴酸鹽超標。
（3）苯並芘
苯並芘超標主要原因可能是由於生產加工過程溫度控制不當或加工時間不合理所致，還有可能是原料儲存不當或晾曬不當所致。
（4）羅丹明B
羅丹明B是壹種鮮桃紅色的合成染料，已被列入《食品中可能違法添加的非食用物質和易濫用的食品添加劑品種名單(第壹批)》，不允許在食品中使用。檢出羅丹明B，反映出很可能是企業為了使產品顏色鮮亮，違法添加該物質，也不能排除是采購的原料中添加了該物質。
食品安全檢測常見方法色譜技術色譜中常用的方法有氣相色譜法、高效液相色譜法、薄層色譜法和免疫親和色譜法。
氣相色譜法能夠準確、靈敏地進行快速定性與定量分析，在食品安全檢測中廣泛的應用於天然毒素、農藥、食品添加劑、獸藥等的檢測。薄層色譜法是20世紀30年代發展起來的壹種分離和分析方法。儀器操作簡單、方便、應用廣泛，但靈敏度不高。薄層色譜廣泛的應用於農藥、毒素、食品添加劑等方面，在定性、半定量以及定量分析中發揮著重要作用。質譜分析是壹種測量離子荷質比的分析法，質譜作為理想的色譜檢測器，不僅特異，而且具有極高的檢測靈敏度。色譜與質譜聯用技術結合了兩者的優點，成為分析化學的研究熱點。其中，氣相色譜-質譜聯用技術與液相色譜-質譜技應用廣泛，前者用於有機物的定性定量分析，後者通常用於極性較大，熱穩定性強、難揮發的樣品分析。
光譜技術光譜分析法是利用物質發射、吸收電磁輻射以及物質與電磁輻射的相互作用而建立起來的壹種方法，通過輻射能與物質組成和結構之間的內在聯系及表現形式，以光譜測量為基礎形成的方法，也是壹種無損的快速檢測技術，分析成本低。其中，拉曼光譜、紅外光譜、近紅外光譜以及熒光光譜等在食品安全檢測中應用較為廣泛。
生物技術生物檢測技術是近年來飛速發展，且在食品檢測中備受關註。由於食品多數來源於動植物等自然界生物，因此自身天然存在辨別物質和反應能力。利用生物材料與食品中化學物質反映，從而達到檢測目的的生物技術在食品檢驗中顯示出巨大的應用潛力，具有特異性生物識別功能、選擇性高、結果精確、靈敏、專壹、微量和快速等優點。應用較廣泛的方法有酶聯免疫吸附技術、PCR技術、生物傳感器技術以及生物芯片技術等。
酶聯免疫吸附技術是建立在免疫酶學基礎上，將抗原抗體反應的高度特異性和酶的高效催化作用相結合而發展建立的壹種免疫分析方法。基本原理是利用酶標記的抗原或酶標記的抗體作為主要試劑，通過復合物中的酶催化底物呈色反應來對待測物質進行定性或定量，在農藥和獸藥殘留、違法添加物質、生物毒素、病原微生物、轉基因食品等食品安全檢測方面廣泛應用，如恩諾沙星、瘦肉精以及嗜堿耐鹽性奇異變形桿菌等的測定。PCR技術，即聚合酶鏈式反應技術，是壹種體外酶促合成，擴增特定的DNA片段的方法，是調查食品源疾病爆發及鑒定響應病原菌的有用工具，以其特異性強、靈敏度高以及準確快速等優點在食品檢測領域廣泛應用。生物傳感器是壹種將生物識別元素與目標物質結合的物理傳感器，具有高特異性和靈敏度、反應速度快、成本低等優點，已經成為食品檢測中的重要工具。主要應用於食品添加劑、致病菌、農藥和抗生素、生物毒素等方面的檢測。如食品中亞硝酸鹽、鼠傷寒沙門菌、有機磷酸酯和氨基甲酸鹽、黃曲黴素B1等的快速測定。生物芯片法是壹項綜合分子生物技術、微加工技術、免疫學、計算機等技術的全新微量分析技術，將分析過程集成在芯片上完成，實現樣品檢測的連續化、集成化、微型化和信息化。在食品安全檢測中可應用於食源性微生物、病毒、藥物、真菌毒素以及轉基因食品等的檢測分析。