1.特殊疾病中的重大疾病門診醫療費用報銷實行與住院相同的報銷比例和起付線，起付線壹年計算壹次（壹年內到不同級別醫療機構就診的，以最高級別為準），封頂線與住院合並計算至當年成人報銷封頂線，兒童重大疾病住院和門診累計封頂線均為10萬元；
2.兒童重大疾病住院和門診累計封頂線為：壹級10萬元，二級15萬元；
2.特殊病種中的慢性病門診醫療費用不設起付線，實行按比例限額報銷。每次報銷比例為：壹級醫療機構80%，二級醫療機構60%，三級醫療機構40%，年報銷限額1000元/年。
同時患有兩種及以上特殊疾病的，每增加壹種疾病，年度報銷限額增加200元。
特殊病種報銷只針對所辦理病種的相關治療，符合重慶市城鄉居民合作醫療保險特殊病種醫療費用報銷範圍。
法律依據
《中華人民共和國社會保險法》
第二條 國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險、生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。第三條 社會保險制度堅持廣覆蓋、保基本、多層次、可持續的方針，社會保險水平與經濟社會發展水平相適應。第四條 中華人民***國境內的用人單位和個人依法繳納社會保險費，有權查詢繳費記錄和個人權益狀況，要求社會保險經辦機構提供社會保險咨詢等相關服務。
個人依法享受社會保險待遇，有權監督單位為其繳費。第五條 縣級以上人民政府將社會保險事業納入國民經濟和社會發展規劃。
國家多渠道籌集社會保險基金。縣級以上人民政府對社會保險事業給予必要的財政支持。
國家通過稅收優惠政策支持社會保險事業。