低聚糖和低聚果糖的區別如下：
1、命名方式不同
低聚糖的名稱通常采用系統命名法，即用規定的符號D或L和α或β分別表示單糖殘基的構型和糖苷鍵的構型，
用阿拉伯數字和箭頭（→）表示糖苷鍵連接的碳原子位置和連接方向，用O表示取代位置在羥基上。如：麥芽糖的系統名稱為4-O-α-D-吡喃葡萄糖級-（1→4)-D-吡喃葡萄糖；乳糖的系統名稱為β-D-吡喃半乳糖基-（1→4）-D-吡喃葡萄糖，
蔗糖系統名稱為α-D-吡喃葡萄糖基-（1→2）-β-D-呋喃果糖苷。除系統命名外，因習慣名稱使用簡單方便，沿用已久，故目前仍然經常使用，如蔗糖、乳糖、海藻糖和棉子糖等。
而低聚果糖是指2～5個果糖基為鏈節，以壹個葡萄糖基為鏈的端基，以果糖基→果糖連接鍵為主體骨架連結形成的碳水化合物。即是指1～4個果糖基以β-2，1鍵連接在蔗糖的D-果糖基上而形成的蔗果三糖（GF2）、蔗果四糖（GF3）、蔗果五糖（GF4）和蔗果六糖（GF5）的混合物。
商品低聚果糖壹般還含有少量蔗糖、果糖、葡萄糖。
2、作用不同
低聚糖可以促進營養的吸收，尤其是鈣的吸收。攝入低聚果糖能提高生物體對鈣離子的吸收，這壹現象受到了越來越多的關註，壹些人體臨床實驗也得以陸續開展。對於青少年，含有豐富低聚果糖的菊粉證實可通過強化鈣質吸收和增加骨密度對骨骼健康產生正面的效用。
對於停經後的婦女，富含低聚果糖的菊粉證實可提高礦物質吸收而改善骨骼健康。另有臨床研究結果指出，補充含有豐富低聚果糖的菊粉可幫助改善更年期婦女的礦物質吸收並影響其骨更新標記
而低聚果糖對腸道益菌的增殖作用。低聚果糖對腸道中有益菌群如雙岐桿菌、乳酸桿菌等有選擇性增殖作用，使有益菌群在腸道中占有優勢，抑制有害菌的生長，減少有毒物質(如內毒素、氨類等)的形成，
對腸粘膜細胞和肝具有保護作用，從而防止病變腸癌的發生，增強機體免疫力。
3、應用領域不同
低聚果糖在壹25～5攝氏度的低溫下貯存仍很穩定，可以應用在冰淇淋之類的冷食中。低聚果糖應用於奶粉，對排毒潔腸、雙向調節微生態平衡很有作用。低聚果糖用於乳酸菌飲料，解決人們乳糖耐受性問題，增加水溶性可吸收鈣的含量，
使乳制品更易消化吸收。低聚果糖作為益生素，用於動物飼料生產，只消滅有害菌，不殺死有益菌，對動物安全無毒性。
而低聚糖添加於化妝品，可以抑制臉部皮膚表面有害菌的生長，並能有效減緩色素沈澱，淡化並消除色斑，對皮膚保健有良好的作用，可與各地特產植物(如絞股藍、蘆薈等)搭配開發生產國際流行的第三代保健品，
具有抗腫瘤和增強免疫功能：許多報道顯示，雙歧桿菌具有抗癌作用。這可能是由於雙歧桿菌細胞、細胞分泌物及細胞壁成分刺激免疫系統所致 。
4、分子質量不同
低聚糖分子量壹般為5萬，而低聚果糖分子量壹般為10萬以上
百度百科-低聚果糖
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