改革“以藥補醫”機制，鼓勵探索醫藥分開的多種形式。取消藥品加成政策，將試點縣級醫院補償由服務收費、藥品加成收入和政府補助三個渠道改為服務收費和政府補助兩個渠道。醫院由此減少的合理收入，通過調整醫療技術服務價格和增加政府投入等途徑予以補償。提高診療費、手術費、護理費收費標準，體現醫療技術服務合理成本和醫務人員技術勞務價值。醫療技術服務收費按規定納入醫保支付政策範圍，並同步推進醫保支付方式改革。增加的政府投入由中央財政給予壹定補助，地方財政要按實際情況調整支出結構，切實加大投入。
（壹）發揮醫療保險補償和控費作用。縣級醫院要提供與基本醫療保險保障範圍相適應的適宜技術服務，控制基本醫療保障範圍外的醫藥服務。醫保基金通過購買服務對醫院提供的基本醫療服務予以及時補償。縮小醫保基金政策範圍內報銷比例與實際報銷比例的差距。改革醫保支付制度。充分發揮醫保合理控制費用和醫療服務質量的作用。落實醫保基金收支預算管理，建立醫保對統籌區域內醫療費用增長的控制機制，制定醫保基金支出總體控制目標並分解到定點醫療機構，將醫療機構次均（病種）醫療費用增長控制和個人負擔定額控制情況列入分級評價體系。推行總額預付、按病種、按人頭、按服務單元等付費方式，加強總額控制。科學合理測算和確定付費標準，建立完善醫保經辦機構和醫療機構的談判協商機制與風險分擔機制，逐步由醫保經辦機構與公立醫院通過談判方式確定服務範圍、支付方式、支付標準和服務質量要求。醫保支付政策進壹步向基層傾斜，鼓勵使用中醫藥服務，引導群眾合理就醫，促進分級診療制度形成。
（二）調整醫療服務價格。按照總量控制、結構調整的原則，降低藥品和高值醫用耗材價格，降低大型醫用設備檢查、治療價格，政府出資購置的大型醫用設備按不含設備折舊的合理成本制訂檢查治療價格，已貸款或集資購買的大型設備原則上由政府回購，回購有困難的限期降低價格。嚴禁醫院貸款或集資購買大型醫用設備。合理提高中醫和體現醫務人員技術勞務價值的診療、護理、手術等項目價格，使醫療機構通過提供優質服務獲得合理補償。價格調整要與醫保支付政策銜接。改革醫療服務以項目為主的定價方式，積極開展按病種收費試點，病種數量不少於50個。
（三）規範藥品采購供應。堅持質量優先、價格合理的原則，建立藥品（含高值醫用耗材）量價掛鉤、招采合壹的集中招標采購機制。調動企業生產供應藥品的積極性，大力發展現代醫藥物流，減少和規範流通環節，降低配送成本。各地可在探索省級集中采購的基礎上，積極探索能夠有效保障藥品及耗材供應及時、質量可靠、價格合理的采購供應辦法。堅決治理藥品及耗材方面的商業賄賂。完善鼓勵使用基本藥物的政策措施，縣級醫院應當優先配備、使用基本藥物，提高基本藥物使用比例。
（四）落實和完善政府投入政策。全面落實對公立醫院基本建設及大型設備購置、重點學科發展、人才培養、符合國家規定的離退休人員費用、政策性虧損補貼、承擔公***衛生任務和緊急救治、支邊、支農等公***服務的政府投入政策。縣級政府對所辦醫院履行出資責任，禁止縣級醫院舉債建設。
對位於地廣人稀和邊遠地區的縣級醫院，可探索實行收支兩條線，政府給予必要的保障，醫院平均工資水平與當地事業單位平均工資水平相銜接。