藥品的臨床評價可分為兩個階段，即上市前評價、上市後藥品臨床在評價階段。
壹、治療藥物評價
1、治療藥物有效性評價
（1）新藥臨床評價的分期
1Ⅰ期臨床試驗：初步的臨床藥理學及人體安全性評價試驗階段。
2Ⅱ期臨床試驗：治療作用的初步評價階段。
3Ⅲ期臨床試驗：新藥獲得批準生產後進行的擴大化臨床試驗階段。
4Ⅳ期臨床試驗：上市後臨床藥品再評價階段。試驗樣本數常見病例不少於2000例。
（2）新藥四期臨床評價的局限性
1病例數目少
2觀察時間短
3特殊人群未納入
4考察不全面
5管理有漏洞
（3）上市後藥品臨床再評價
上市後再評價主要遵循循證醫學的方法：
1實用性和對比性
2公正性和科學性
（4）循證醫學與藥品再評價
循證醫學的核心思想是醫療決策應盡量以客觀的研究結果為依據。循證醫學的實踐既重視個人臨床經驗又強調采用現有的、最科學的研究依據。
2、治療藥物的安全性評價
（1）藥品上市前的安全性信息
包括藥品的毒理學、致癌、致畸和生殖毒性、不良反應、禁忌癥，新藥臨床試驗期間，用藥單壹，用於特定目標人群和針對唯壹的適應癥，對於出現的不良事件較好歸因。
（2）藥品上市後的安全性信息
可來自上市後大範圍用藥的研究，包括特殊人群（妊娠期及哺乳期婦女、兒童、老年及肝腎功能損害患者等）用藥，藥物相互作用，藥物過量及人種間安全性差異等。
3、藥物經濟學評價
（1）藥物經濟學定義
是通過成本分析對比不同藥物治療方案或藥物治療方案與其他治療方案的優劣，設計合理的臨床藥學服務方案，保證有限的社會衛生保健資源發揮最大的作用。
（2）藥物經濟學評價方法
1最小成本分析
2成本-效益分析
3成本-效果分析
4成本-效用分析
4、質量評價
壹個安全、有效、穩定、經濟的藥品，其基本前提必須是質量合格。
控制藥品質量的標準壹般包括法定標準、企業標準和研究應用標準三類。
藥品生產是將物料加工轉換成產品的壹系列過程，產品質量基於物料的質量，形成於藥品生產的全過程。
二、藥物基因組學
1、藥物基因組學基本概念
是以藥物效應及安全性為目標，研究各種基因突變與藥效及安全性的關系。
2、在個體化給藥中的應用
基因檢測可找到被測者的DNA中存在哪些疾病的易感基因。還可能明確知道我們正確的用藥，提高藥物的有效性，避免不良反應的發生。
三、循證醫學與藥物治療
1、循證醫學的基本知識
循證醫學評價是針對某壹具體問題，按照規定的方法對現有的相關信息證據進行收集、歸類、分析，並形成壹個系統的評價結果的過程。
循證醫學強調任何醫療決策應建立在最佳科學研究證據基礎上。
臨床證據主要來自大樣本的隨機對照臨床試驗（RCT）和系統性評價或薈萃分析。
2、循證醫學的證據分級
推薦強度分為A~D級：
A、結果壹致的Ⅰ級臨床研究結論
B、結果壹致的Ⅱ、Ⅲ級臨床研究結論或Ⅰ級臨床研究結論
C、Ⅳ級臨床研究結論或Ⅱ、Ⅲ級臨床研究結論的推論
D、Ⅴ級臨床研究的結論或任何級別多個研究有矛盾或不確定的結論
3、循證醫學實踐
循證醫學正在改變著許多醫師多年來形成的單憑書本和經驗進行診治到底習慣和行為。
各國政府的衛生行政機構和藥品監管機構在制定各種疾病的防止指南、國家基本藥物目錄、非處方藥目錄醫療保險目錄等以及藥品篩選與淘汰時都要參考循證醫學的研究結果。