1.辦公室
制定區域市政局的年度工作計劃、相關工作制度和長遠發展規劃；起草和審核重要文稿；負責區局的文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦稅務宣傳、新聞發布、區局政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；負責對地區局目標管理的考核和監督；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事項；協助領導綜合協調相關工作。
2.政策和法規科
辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；配合財政、審計等部門對稅務部門的稅收政策進行監督和審計。負責流轉稅、所得稅等稅種的稅務管理業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程的管理、推廣應用、認證和稅務備案、數據采集和審計管理。
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法。承擔征管質量評估、納稅信用評價、稅收管理員制度等綜合征管工作。
3.收入會計科
編制年度稅收計劃和免稅及轉庫計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用；負責稅款緩繳、壞賬稅和死稅核銷的管理；管理地區局的財務工作。
4.辦稅服務科(辦稅服務廳)
組織、協調、指導地區局各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅務糾紛的調解；承擔12366納稅服務熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的運行管理；負責稅務代理工作的監督、管理、指導和協調。
負責納稅人在稅務機關辦理的各類涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購售、稅法(宣傳)公告、金稅發售、開具、發票代開、納稅申報審核、咨詢輔導、受理納稅人涉稅項目審批申請等。
5.人事教育組
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；監督檢查幹部人事規章制度的執行情況；管理地區局的外事工作；組織實施本地區局精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估；執行上級檢查的相關工作；承擔區局離退休幹部的服務和管理工作。
6.監督辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對區局工作人員違法違紀行為的舉報、投訴及相關申訴；查處區局工作人員違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
7.稅源管理壹科
負責所轄納稅人的監控、管理和服務，具體負責所轄納稅人稅務登記和納稅申報的調查核實、稅源預測分析、重點稅源管理的跟蹤監控、納稅宣傳、納稅輔導、納稅調查、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、提醒、數據采集分析、所轄納稅人具體納稅評估、壹般違法行為處理。
8.稅源管理二科
負責流轉稅、所得稅等稅種的納稅評估、日常審計和日常管理檢查；負責轄區內增值稅壹般納稅人和所得稅重點企業的具體納稅評估和上級部署的重點評估企業的納稅評估；牽頭組織開展行業、區域或重點稅源的專項納稅評估；推廣應用評估軟件，及時報送納稅評估案例及相關材料。
9.稅源管理三題
負責國家進出口稅收政策和管理措施的執行和日常監督檢查，負責出口貨物退(免)稅的審核確認，負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護，編制出口退(免)稅計劃。
10.稅源管理第四節
為重點企業和行業提供納稅服務；承擔重點企業和行業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；承擔匯總納稅企業日常稅務檢查的相關工作。貫徹國家涉外稅收法律法規，配合有關部門組織實施反避稅檢查，負責稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務稽查、外籍居民稅收監管、信息交流、國際稅收管理合作等工作。，負責所轄外商投資企業和外國企業的稅源管理，組織實施特別納稅調整。
機關黨委辦公室負責黨群工作；承擔思想政治工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作。設置兩個事業單位，級別為正廳級，分別是信息中心和機關服務中心。
1.信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔地區局信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織信息安全管理和實施；負責區域局計算機設備的維護、保養和調配管理。
2.代理服務中心
承擔地區局後勤事務的管理、保障和服務，制定機關事務具體工作制度並組織實施；負責區域局辦公用品的采購、儲存、發放和維護；負責房地產管理、安全保衛、醫療保健等工作；負責局機關的設備管理。