首先，是對供應鏈結構的影響。傳統的供應鏈是壹個串聯的多區段層級系統結構。這種結構的多級決策機制必然會扭曲和放大傳遞給上遊供應商的市場需求信息，增加供應鏈的多級庫存成本，市場反應緩慢，缺乏必要的敏捷性。電子商務興起後，發展成為包括產品制造商、原材料供應商、商品零售商在內的眾多商家組成的“供應鏈網絡”(供應鏈網絡結構)。
其次是對供應鏈運作模式的影響。隨著網絡技術和電子商務技術的發展，連接買賣雙方的網上交易市場的出現也從根本上改變了傳統供應鏈的運作模式。與過去關鍵產品或服務需要依賴少數甚至單壹供應商的傳統運營模式不同，借助電子商務市場，壹家公司可以通過招標從數百家供應商中選擇最合適的產品或服務，合理分配產能，廣泛利用網絡虛擬資源，快速動態地重組其供應鏈，協調其業務流程。從而在整體供應鏈協同運作模式的基礎上，進壹步構建同步的電子供應鏈運作模式。
顯然，電子商務比傳統商務有很大的優勢。面對日益激烈的市場環境，企業的需求預測和規劃變得更加復雜和困難，而電子商務構建的供應鏈管理系統可以將制造商、供應商、銷售商和客戶聯系在壹起，使供需雙方在最合適的時間獲得最實用的市場信息，大大減少流通環節，降低成本，提高企業的管理水平。