番茄病毒病在我國是卷煙植病、黃瓜植病的常見病毒源，因此可分為植病型、條紋葉型、蕨葉型，大生產者時代呈復合癥狀。其典型癥狀是葉片內嵌黃綠色幹癟病斑，並伴隨產生幹尖、皺縮、歪斜，甚至成為條紋葉；植株矮砧，失綠，開花不結果；果實內部結構幹癟或產生烏頭果等。
預防方法：
壹是選用抗病品種。現階段，世界上早已培育出壹批抗病毒品種。二是選用無病種子並進行消毒。要從無病植株上采集種子，播種前用50～52℃沸水浸泡20～30min，晾幹後催齒播種。三是做好芽蟲防治，減少傳播媒介。由於芽蟲生長進度不壹致，對芽蟲的防治應盡早，7～10d防治1次。可用的藥很多，買藥時問壹下就行了。四是加強肥水管理。番茄定植後不能少澆水；生長發育期要施有機肥，不能過多使用化肥，化肥要按照勤施、薄施的標準，促進植株的旺盛生長發育。
二、番茄青枯病危害癥狀：
病原菌為短節型病原菌，具有極化微絨毛，能在水中擺動。不僅危害番茄，還可為害四季豆、牽牛、烤煙、馬鈴薯、蕎麥、花生仁、白芝麻、香蕉和蘋果等多種作物，是亞熱帶和亞熱帶地區流行的病蟲害，在我國南方各省市均有毀滅性病蟲害發生。典型癥狀是發病前期，田間某些植株頂部葉片突然枯黃，傍晚修復，2～3d後全株變綠枯死；剖開病株底部，可見輸導組織變褐，用手擠壓有白色粘液流出。然後逐漸向四周蔓延，特別是6～7月，雨後驟晴，發病速度加快，植株大面積枯死，造成重要財產損失。
防治方法：
該病目前尚無合理的肥料可以防治。可選擇農業防治方法，如實行嚴格的水旱輪作、稻菜輪作；註意肥料發醇殺菌，盡量不用城市垃圾作底肥；凹溝窄畦，疏通溝渠排水管，減少地下水；培育旺苗和不育壯苗；選用早熟品種，避免發病等。
二、番茄早疫病危害癥狀：
病源危害葉片、果實、莖稈，葉片、葉柄處易發病。葉片發病，自上而下出現淡綠色暈斑，進而發展成同舟輪紋和毛黴，葉片慢慢枯萎。葉莖分枝發病，病斑為橢圓形，稍凹陷並發生輪紋，植株易折斷。果實上的病斑多從果實頂端的接縫處逐漸產生，均產生橢圓型凹陷斑。苗期發病，首先是在莖的底部形成環形病斑，可引起腐爛並使植株枯萎，類似黃萎病。常與晚疫病混合危害，不同樹齡發病程度不同。
防治方法：
壹是輪種：凡種植馬鈴薯、番茄的地塊，應實行3年左右的輪種。二是選用無病種子：要從無病植株上采集種子，播種前用52℃沸水浸種30min，晾幹後催齒再種。三是消毒滅菌：在保護地、溫室、大棚種植的番茄，移栽前要進行消毒滅菌。四是管理方法配套設施：在保護地內種植番茄，管理方法上要註意水、火、風的相互影響。加強自然通風，避免棚內環境濕度長期過大、溫度過高而導致此病流行。五是藥物防治：現階段多用藥防治。
三、番茄晚疫病危害癥狀：
主要危害葉片和果實。典型癥狀是發病前期葉尖或邊緣發生水漬狀病斑，繼而失綠，病斑逐漸變為褐色 "V "型病斑，最終全葉枯黃死亡。流行較嚴重時，全株葉片枯黃，使果實暴露在陽光下而遭受日灼。這種病蟲害的發生程度與當時的降雨量密切相關，雨水多，天氣柔和，則疫情重，反之則輕。
防治方法：
壹是輪種、留種、消毒滅菌，管理措施與早疫病壹致。移栽不宜過晚、過密；要及時割技打叉，及早松土，註意排管。發病後應及時操水澆灌，得到病株後立即消除病殘體。二是藥物防治。
四、番茄葉黴病危害癥狀：
又稱黑黴病。典型癥狀是初期葉背發生橢圓形或不規則形褪綠斑，後出現灰紫色或暗褐色黴狀物；葉柄下部發生白色病斑，中後期出現暗褐色黴狀物。受害果實病斑由頂端向四周擴展，可達果實總面積的1/3，病斑環形，中後期硬底微凹，老病斑外皮下有時引起針管狀小黑斑（菌塊）。該病在軟高低溫條件下極易流行，是溫室大棚和大棚番茄生產制造的重點病蟲害之壹。
防治方法：
加強通風透氣，如立即采用剪枝技術、抹菌、打黃葉、清溝排漬、清除雜草等。藥物防治，早、晚疫病同治。
五、番茄斑點枯萎病危害癥狀：
又稱斑點病、魚眼斑病，典型癥狀是在發病前期被害葉片反面造成環狀浸染小斑點，擴大後正反兩面發生環狀或近橢圓形病斑。病斑邊緣暗紅色，中間灰色，有凹痕，形狀近似魚眼鏡片狀。病斑相當大，達 2 ～ 3mm，上側形成灰黑色硬孢子器，即病原菌的分生孢子器。葉莖和莖上的病斑呈橢圓形至長圓形。發病初期多從植株下部的黃葉開始，逐漸向上蔓延。發病較重時，葉片慢慢變黃，許多病葉脫落，植株衰老，果實暴露在外，易發生日灼病。此病在超低溫濕冷條件下易流行。
防治方法：
壹是熟土預播。用熟土或2年內未種過番茄紅素蔬果的土地進行預播育苗，大田種植實行2年左右輪作。二是取種消毒滅菌。從無病株上選取種子，播種前用50～52℃沸水浸種20～30min，晾幹後催齒再種。三是深翻、高松土壤，擡高田間排水管。發病前期立即摘除病葉、黃葉埋到田外，盡量減少病原菌傳播，降低田間環境濕度。藥防結合，效果更佳，以藥防治早疫病。
六、番茄葉枯病危害癥狀：
又稱萎蔫病，典型癥狀是發病前期，植株下部葉片慢慢枯黃，然後慢慢向上端葉片發展的趨勢，最終枯黃死亡。剖開病株莖幹，可見導管組織變褐，但沒有白色粘液排出的角斑病，莖尖有暗紅色黴狀物。
防治方法：
該病屬土層傳染病，現階段沒有合理的肥料可以冶，其防治方法與角斑病相似，即註意輪種輪肥發酒精消毒殺菌、使用石灰粉、選用抗病品種等。
七、番茄臍腐病危害癥狀：
番茄黑糊糊的，是體內失調引起的問題。土壤含水量不足，植株呼吸作用明顯，土層缺鈣或根莖吸收鈣的工作能力弱，基肥施用過多都易引起此病。典型癥狀是未熟果實臍部先缺水，變為暗綠色浸漬狀病斑，繼而臍部組織壞死，變為黑色糊狀黑疤；果實生長發育加快，未熟先紅。
防治方法：
翻耕土地資源或移栽後，施入生石灰粉1200kg/hm2上下；但要適量使用基肥，追施磷鉀肥，因為磷鉀肥能增強砧木對鈣的吸收工作能力；經常保持土層濕潤，不能幹濕交替；選用抗臍腐病的品種等。