“埃博拉”病毒的形狀就像中國古代的“如意”。對埃博拉病毒屬成員的電鏡研究表明，它呈現壹般纖維狀病毒的線狀結構。病毒顆粒也可能以“U”、“6”、纏繞、環狀或分枝的形狀出現，但實驗室的凈化技術也可能是造成這些形狀的因素之壹。例如，離心機的高速運轉可能會使病毒顆粒變形。病毒顆粒直徑壹般在80納米左右，但長度可達1400納米，典型的埃博拉病毒顆粒平均長度接近1000納米。病毒顆粒中心的核殼蛋白由螺旋纏繞的基因組RNA、核殼蛋白和蛋白病毒蛋白VP35、VP30和l組成，病毒中含有的糖蛋白從表面10 nm長滲入病毒顆粒，另10 nm從包膜表面向外突出，來自宿主的細胞膜。包膜和核殼蛋白之間的區域稱為基質空間，由病毒蛋白VP40和VP24組成。
EBOV在室溫下是穩定的，並且適度耐熱。56℃不能完全滅活，60℃30min才能破壞其傳染性。紫外線照射2分鐘可使其完全失活。對化學藥品敏感，乙醚、脫氧膽酸鈉、β-丙內酯、福爾馬林、次氯酸鈉等消毒劑可完全滅活病毒感染；鈷60輻照和γ射線也能使其失活。EBOV可以在血樣或屍體中存活數周；在4℃保存5周後，其感染性保持不變，8周後效價下降壹半。可在-70℃下長期保存。
盡管EBOV的天然宿主尚未確定，但有許多證據表明野生非人靈長類動物如猴子和猩猩以及其他動物感染了EBOV。證據1: 1976，1996，2002年的疫情源於人類接觸野外死亡的猩猩；證據二:菲律賓出口的猴子多次檢出EBOV，但未發現疾病；證據3:剛果(布)衛生部2003年8月的壹項調查顯示，在野生黑猩猩和野豬中均可發現EBOV。