診斷困難標準化診療方案，又稱臨床路徑，是在診療指南或專家知識等規範性文件的基礎上，針對不同疾病設計的綜合性診療方案。絕大多數罕見病沒有診療指南或專家知識，缺乏規範的診療程序，反映了罕見病領域相關知識和循證醫學的缺乏，這也是世界罕見病領域面臨的問題。大部分基層醫院甚至缺乏這類疾病的基本診療經驗，所以很多罕見病沒有得到有效的診斷和治療。
診斷難，誤診率高，是罕見病患者的痛。因為發病率極低，很多人對罕見病知之甚少。同時，由於罕見病涉及兒童、成人等多個學科，很多醫生對罕見病的認識相對有限，導致誤診漏診率較高，尤其是在偏遠地區。比如C型的尼曼皮克病(NPC)，患者發病年齡差異很大，臨床表現也不壹樣。？不同年齡的臨床表現有非常顯著的差異，這導致NPC容易被漏診和誤診。？上海新華醫院兒科副主任張會文說。
據悉，我國每年確診的NPC病例不超過100例，但按照國際公認的人口基數最低發病率計算，發病率遠不止100 ~ 1:120000，說明大部分患者並沒有。
診斷周期很長。罕見病的另壹個特點是診斷周期很長。？世界上診斷罕見病平均需要4年，中國需要更長時間。小時候經歷過各種醫療，終於知道自己得的是什麽病。我國罕見病患者確診平均需要5到8年。？專家表示。
對全國三級甲等醫院住院病例的回顧性分析顯示，在確診的952種罕見病中，有152種罕見病在國際上有相應的上市孤兒藥，16%的疾病可用藥物治療。而我國僅有50種罕見病有相應的孤兒藥上市，獲得臨床批文或正在進行臨床試驗，可及的疾病僅占5%。原因是國外的藥很難引進，但是國內已經上市的有哪些？孤兒藥？只有148種，遠低於發達國家。中國的藥物研發能力有限。目前國內鮮有藥企關註孤兒藥的研發。多數孤兒藥依賴進口，價格昂貴。常見的是國外有藥，國內沒有藥。有些藥品已經批準在國內上市，但企業由於利潤低不願意生產，導致臨床上無藥可用。
社會對罕見病認識不足罕見病知曉率不盡如人意。很多人不知道什麽是罕見病，甚至基層和臨床醫務人員對罕見病的了解和認識也不盡如人意。2018年中國罕見病調查報告對285名醫生進行了問卷調查，其中77%的醫生具有研究生以上學歷，受訪醫生的整體學歷、職稱和醫院級別均遠高於全國平均水平。但僅有33.3%的醫生承認只聽說過罕見病，但並不了解。兩位醫生說他們從未聽說過罕見病。可以推斷，偏遠地區和經濟欠發達地區的臨床醫務人員對罕見病的認識就更少了。