牙膏是日常清潔用具，必須配合軟毛牙刷使用。根據刷牙和漱口的機械設備的功能，可以合理地清除牙齒表面的牙菌斑和汙漬。漱口水只能在藥物的幫助下發揮作用，不能合理去除牙漬和食物殘渣，所以不能代替牙膏，單獨使用漱口水也不能代替刷牙和漱口。事實上，雖然漱口水具有抗菌除菌的作用，但如果不先清潔牙齒就使用漱口水，那麽漱口水預防齲齒的作用將非常有限，殘留在牙齒與牙齦縫隙或牙周袋中的細菌仍會迅速繁殖。科學研究證實，壹個細菌每三個小時就能繁殖壹代。
漱口水不能代替牙膏刷牙漱口。正確使用漱口水是在刷牙和漱口之後。漱口水具有清潔口腔、消除口臭、預防牙病、緩解口幹的作用。獨特的漱口水(如藥用漱口水、消腫漱口水等。)會添加額外的藥用成分，有治療口腔疾病的目的。漱口水的殺菌效果比牙膏強，但是不能經常用。頻繁使用不正確的漱口水會導致口腔潰瘍，破壞牙齒表面的保護膜。因為漱口水含有酒精，雖然對口腔有消毒殺菌作用，但長期使用也會影響口腔內膜。所以壹般情況下，塗抹的頻率是1-2次壹周。
有些漱口水含有比牙膏更高的藥物成分。常見的漱口水容易造成口腔和腸道菌群失調，進而引發口腔疾病，如念珠菌感染。此外，壹些漱口水會使牙齒和舌苔著色，甚至導致可恢復的味蕾褪色。因此，患有牙病的幼兒應在口腔醫生的具體指導下，有目的地應用治療性漱口水。另外，保健漱口水不建議長期使用，每次使用後需要用冷水沖洗，防止藥物殘留。