1998年7月，公司更名為北京雙鹿藥業股份有限公司，2000年8月，公司改制成立為股份公司。2004年9月，雙鷺藥業(代碼002038)在深交所上市。中國證監會行業:分類醫藥及生物制品。
公司自成立以來，始終堅持以質量求生存，以創新求發展的企業理念。在過去的10年中，研發並投放市場的國家壹類藥2個，國家二類藥8個，均具有自主知識產權。同時，還有近20個自主研發的國家壹、二類新藥處於實驗室到臨床試驗等不同研發或申報生產階段。未來兩年，將有數十款新產品陸續投放市場。部分研發項目多次獲得北京市及國家科技進步壹、二等獎。
1997、2000年、2002年，公司四次作為獨立企業申請並獲得國家863計劃基金支持，兩個項目獲得國家技術創新基金支持。1996 10被北京市科委認定為高新技術企業，1999被列為北京市重點扶持企業和生物制藥領域重點企業。2000年、2003年和2004年，公司所有劑型均通過了國家醫藥產品監督管理局的GMP認證。2000年7月被科技部和中科院認定為高新技術企業(雙高認定)，是4項國家863計劃成果產業化基地。
由於2009年醫改不明朗，醫藥行業競爭激烈，市場對雙鹿藥業能否保持高增長心存疑慮，導致上半年火熱的牛市中走勢疲軟，被市場評為2009年十大熊市第二名。
除了註射液產品，數據顯示，雙鹿藥業股份有限公司的復合輔酶呈現良好的增長態勢。公司前三季度銷售收入增速接近50%，主營收入6.4億，超過去年總收入6.2億。
本公司是由新鄉白鷺化纖集團有限公司等四個法人單位和徐明波等五個自然人於2000年6月發起設立的股份有限公司。經中國證監會批準，公司以募集方式公開發行a股股票，並於2004年9月9日在深圳證券交易所上市。