漁業生產的每壹個環節都應抓好水體環境衛生，確保養殖的水產動物不受病害侵襲。日常生產中，養殖消毒不可缺少，這裏介紹幾種簡單的養殖消毒方法，供各地養殖戶參考使用。
1、曝曬消毒 利用陽光中的紫外線和自然力的殺菌作用，將漁池、漁具等物品在陽光下曝曬。壹般來說，在陽光直射的條件下，經6個小時的日曬，多數細菌就會死亡，即可達到消毒的目的。養殖戶可以利用冬閑季節或養殖空閑期，結合養殖茬口安排，將塘中水抽幹，讓池底、池塘曝曬數日，以消滅底泥及池邊的細菌、寄生蟲等有害物質，為下壹季的生產提供良好的環境。在冬季及陽光不充分的條件下，應盡量延長日曬時間；在夏季及陽光充足的條件下，則應適當減少日曬時間。
2、沖洗消毒 將漁池及漁具、食臺等地方，用幹凈的水源進行機械清洗，可直接沖走汙物、殘餌等雜質，也可間接消除吸附在其表面的細菌、蟲卵，以增強消毒效果。
3、蒸煮消毒 蒸煮能使細菌體的蛋白質凝固變性，大多數病原體經過15分鐘至30分鐘的蒸煮均可死亡。在催產親魚蝦時，可使用此方法對註射器、解剖刀等金屬和玻璃制品等進行消毒。
4、焚燒消毒 焚燒是最徹底的壹種消毒方法，常適用於漁池邊的廢棄物及病死水生動物的屍體。焚燒時，可先將這些物質曬幹，人需站在上風口，焚燒後的灰燼要及時消除，最好深埋，不要隨便放在池邊，以防造成汙染。
5、冰凍消毒 多數病菌及寄生蟲在0℃以下的環境下都不能存活。漁池在冬捕完畢後，可經冰凍10—20天，可徹底消滅殘存的細菌及寄生蟲。
6、潑灑消毒 養殖過程中，由於汙物的積累及殘餌的日益增多，待水溫適宜時，水中也會大量滋生細菌、病毒及寄生蟲，若不及時采取水體消毒措施，就會造成水生動物疫病的發生和漫延，最終將會給養殖戶帶來損失。這時，養殖戶可用生石灰、氯制劑、碘制劑等有效藥物，按要求的用量全池化水潑灑，潑灑時應力求均勻，最好不留死角，能夠達到消毒的目的。
7、藥物消毒 起捕後的空閑漁塘，若來不及冰凍、日曬，也可用生石灰、漂白粉等藥物加重用量全池潑灑，即可達到池塘藥物消毒的目的。通常每畝用量是：生石灰幹法消毒75—100公斤，帶水消毒平均1米水深用100—200公斤；漂白粉平均1米水深用13—15公斤，壹星期後，池塘即可放養。
8、魚蝦體消毒 放養魚蝦種前，用藥物化成溶液後浸泡魚蝦體，能快速殺死魚蝦體表面及鰓部的寄生蟲，還會愈合傷口，快速恢復魚蝦、蝦、蟹等水生動物的體質。養殖戶應根據季節、時間、溫度、魚蝦種等不同情況，選擇不同的魚蝦體消毒藥物。通常魚蝦體消毒藥物的濃度是：硫酸銅8mg/L、漂白粉10mg/L、高錳酸鉀10—20mg/L、敵百蟲3mg/L、食鹽3%—5%。
9、塗抹消毒 人工催產後的親魚蝦及龜、鱉等特種水生動物體表發炎或受傷，都可用藥膏塗抹在傷口及病竈處，以殺死細菌、消除感染，使身體快速生長。常用的體表塗抹藥物有：氟哌酸軟膏、四環素可的松軟膏、硫磺軟膏等。
10、給餌消毒 在魚蝦病高發季節或養殖過程中，可以不定期地向投餵的餌料中拌入壹定比例的藥物，通過攝食，藥物進入體內，也能達到消毒魚蝦體，防治病害的目的。常用的拌餌藥物有：大蒜素、敵百蟲、三黃粉、止血靈等。