1 以調、制劑為主的傳統單純供應階段
新中國成立到60年代，此時期醫院藥劑科的中心任務是承擔門診，病房藥品的配發和醫院協定處方的制劑配制以及學習蘇聯藥房開展快速分析來加強藥品質量，這壹時期醫院藥師嚴重缺乏，加之醫院藥房的設備條件極差，藥師很難發揮應有的技術，藥劑科在醫院中的地位也處於較差的狀態。
2 臨床藥學的開展
80年代在我國各大醫院也普遍興起開展臨床藥學的工作，由於醫藥事業的發展，市場上藥品種類也日漸增多，醫生不合理用藥的現象也逐步嚴重，如何密切與臨床聯系加強合理用藥，提供用藥咨詢已成為藥劑科工作變革的內容，各高等醫藥院校也相繼開設了臨床藥學培訓班，接受醫院藥師的培訓提高，經過實踐的探索證明藥師參與臨床對促進合理用藥，保障病人用藥的安全和有效具有重要的意義，隨著我國“藥品管理法”的頒布，衛生部也相應制訂了《醫院藥劑管理條例》以及綜合醫院分級管理標準等，規範化管理中規定了開展臨床藥學項目以評定等級的標準，這樣促進了各大醫院藥劑科重視臨床藥學工作的開展，然而各地工作的深度發民不平衡，特別是藥物治療監測，藥代動力學研究等等，僅在某些教學醫院和三甲的大型醫院中開展，工作範圍還分狹窄，壹些中、小醫院進行這項工作十分困難，這主要由於我國實際的情況，各醫院中藥師的知識結構與國外相距基大，且醫學知識也十分缺乏，加之醫院實際工作條件限制，因此，臨床藥學工作的深度和難度也較大。
3 質量管理階段
80年代後期我國實行對開放的政策，使醫療衛生事業出現了蓬勃發展的時期，我國衛生行政部門也開始重視學習國外藥房標準外、規範化的科學管理，如計算機在醫院藥品管理方面的引入，同時實施質量管理，特別是對醫院自制制劑和購入藥品的質量控制。根據我國藥品管理法以及學習國外gmp制度，對生產單位和開發自制劑的醫院藥房，按規定程序進行硬件、軟件質量審查，發放《制劑許可證》及年度檢查，對達不到規定條件的醫院藥房制劑室限期改進，未具血備制劑許可證的醫院壹律不準配制制劑。由於實行了這壹質量管理制度，從而在購入的藥品方面堵住了假劣藥品流入醫院，另外，各醫院制劑室從工作環境、設備、人員結構、藥品質量提高都有較大的發展。
4 醫療衛生事業面臨重大的改革
90年代來，隨著改革的深入，市場經濟的推行，如何合理應用衛生資源成為全社會的關註熱點，在這種形勢下，我國醫療體制也制也將面臨重大的變革，即將推出的社會醫療保障制度，醫藥分業，otc藥的分類管理，定點醫院、定點藥房的推出，將使我國公立醫院面臨重大的調整，醫院的宗旨將是以病人為中心提高醫療質量服務於病人。同時擴大社區醫療服務。而對這樣的形勢，醫院藥劑科的功能也將變革，藥劑科決不再是賣習藥品，大規模生產自制劑來達到“以藥養醫院”，同時國家對藥品生產質量管理要求更嚴格，人們自我保健意識更強，這樣必將壓縮醫院制劑規模生產。這樣藥劑科的工作也要重新定位和適應變革，借鑒國外的經驗和我國的實際情況，個人認為未來醫院藥劑的職能有以下幾方面：
①執行醫藥分業(分開核算，分別管理的制度)
長期以來，我國醫院裏，醫和藥的關系更多的是經濟上的緊密相連，因為醫院的收入中壹半以上是靠賣藥，也就是執行的是以藥養醫的模式，而醫院的領導很少去重視藥劑科的技術服務功能，許多醫院的藥劑科與臨床相比，高備陳舊，藥師隊伍知識結構不合理，科研工作開展少，這樣阻礙了醫院藥學的發展。隨著醫保健制度的改革，醫藥分業將作為醫院重大改革之壹，醫藥分業不是把藥劑科從醫院中分離出去，衛生部長張主康為此作了說明：把醫藥分開核算，分別管理制度理為醫院不辦藥房是片面的，醫與藥是左右手的關系，醫院藥房今後的功能決非是賣藥，更重楷的是指導臨床用藥，醫院不辦藥房是不可能的，即便是發達國家，醫院內也設置藥房，醫藥分業實質上是醫藥分開核算，分別管理制度，也就醫院要按照新的財會制度，將藥品收入單獨核算，由上級衛生行部門對藥品收入按比例項目進行審核後，合進返加豐繳部分的藥品收入作為醫院業務發展的正常補償，按照分開核算，分別管理模後，醫院中的醫和藥將從經濟上走向分開，而在技術服務上將緊密結合，藥劑科除了要做好藥品保障供應和經濟管理外，更重要的是要將人力、技術、設備投向於臨床藥學，科學研究，管理信息方面轉化。
②做好從臨床藥學到藥學監護
我國醫院臨床藥學工作自80年開民以來，得到衛生部的重視和支持，並將其工作作為評定醫院等級的壹項重要內容，因此在各地大醫院中工作開展得較好，然而由於我國具體的國情和兩階段培養的藥師，在醫院中大多數仍在從事於調劑工作和藥品采購供應以及從事於制劑生產，他們缺乏堅實的臨床醫學和相關臨床知識，難以勝任臨床藥學工作，這與發達國家培養的藥師，在專業相關臨床知識方面差距基大，當前由於經濟利益的驅動，許多醫院領導只關心醫院的經濟利益，因此，難以支持將藥劑科人力、財力投向臨床藥學，故影響了臨床藥學工作的廣泛深入發展，但是隨著醫療衛生體制改革的進行，藥劑科應主動轉變觀念，積極推進開展臨床藥學，在壹些有條件的醫院積極推進藥學監護。藥學監護的對象是所在患者，其工作目標和達到的結果是為所有接受藥物治療的患者改善生命質量和身心健康，保證其用藥的安全和有效承擔責任，而臨床藥學的工作對象，大多是住院病人和為臨床醫師提供各種監測數據和資料信息，這些意見采綱與否取決於醫院和患者，此外，臨床藥學的工作目標大多是某些種類的藥物和疾病狀態，所以其工作範圍有壹定局限性。因此實施藥學監護，必然要求藥師應具有廣泛的知識能力，才能做好此項工作。
③加強醫院藥劑科的科研工作
20年來，我國醫院藥學工作者，在新制劑、新劑型以及中藥提取，分離，計算機軟件開發等方面都取得了可喜成果。90年代已來各醫院制劑室進行了較嚴格的整頓。藥劑科的儀器設備有了明顯改善，因此藥劑科有條約件開展新制劑和新劑型的研究，如1998年由醫院研究開發衛生部審批獲得新藥證書的***計十余個。
④加強繼續教育，重視人才培養
最近中華醫院管理學會藥事委員會對全國70多家綜合性三級醫院的藥劑科進行調查。在168位科主任中具有大專學歷的僅占1/3。具正副主任藥師職稱的約占2/3，與臨床科室相比差距較大，此外，在學歷方面(這70家醫院藥劑科人員統計)大學本科以上占13.23%，中專占52.4%，無學歷占19.7%，因此，加快人才培養及加強繼續教育成為當前重要的任務。
⑤建立現代化的醫院藥房管理
實現計算機網絡化管理技術，除了運用計算機管理藥品外，還要對醫師處方、醫囑指令，藥學情報檢索，藥物相互作用，不良反應，血藥監測，制劑標準化、規範化等引入計算機管理，因此，當前應對醫院藥學人員普及計算機知識和掌握操作技能，這樣才能實現醫院藥房現代化管理，同時充分享用網絡信息。